Pelas mensagens dá a impressão que o pacote rstan requer bibliotecas não FOSS (não livres no sentido Free Software) e seu OS não está habilitando a instalação delas... 2018-03-14 7:53 GMT-03:00 Andre Oliveira via R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> :
boa dia, estou a procura de um pacote para estimar componentes de variâncias via Bayesiana. Já testes alguns outros recomendados por professores, mas, me falaram da* brms*. Acontece que são tantos erros que não consegui instalar no Ubuntu. A rstan é uma dependência que não instala por nada. Alguém tem algumas sugestões?
*R version 3.4.3 (2017-11-30) *-- "Kite-Eating Tree" Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
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[Workspace loaded from ~/.RData]
install.packages("rstan") Installing package into ‘/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is unspecified) tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/rstan_2.17.3.tar. gz' Content type 'application/x-gzip' length 747202 bytes (729 KB) ================================================== downloaded 729 KB
* installing *source* package ‘rstan’ ... ** package ‘rstan’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"../inst/include" -I"../inst/include/boost_not_in_BH" -I"`"/usr/lib/R/bin/Rscript" --vanilla -e "cat(system.file('include', 'src', package = 'StanHeaders'))"`" -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DFUSION_MAX_VECTOR_SIZE=12 -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/RcppEigen/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/BH/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/StanHeaders/include" -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c chains.cpp -o chains.o
. . . . . In file included from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/phoenix_limits.hpp:11:0, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/support/meta_compiler.hpp:16, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/meta_compiler.hpp:14, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action/action.hpp:14, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action.hpp:14, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi.hpp:14, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/qi.hpp:16, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/ grammars/bare_type_grammar_def.hpp:4, from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/ grammars/bare_type_grammar_inst.cpp:1, from lang__grammars__bare_type_grammar_inst.cpp:18: /home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/ boost/phoenix/core/limits.hpp:44:0: warning: "BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION" redefined [enabled by default] # define BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION ^ <command-line>:0:0: note: this is the location of the previous definition
*Não passa deste ponto ! *
# Em allguns momentos da este aviso. *installed.packages("rstan")* Package LibPath Version Priority Depends Imports LinkingTo Suggests Enhances License License_is_FOSS License_restricts_use OS_type Archs MD5sum NeedsCompilation Built
# Aqui estão dependências complicadas! installed.packages("rstan") install.packages("shinystan") installed.packages("brms") Grato!
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