Bem uma opção é o seguinte. Fiz um exemplo aqui...
#Você tem seus indices, que são barras certo, um valor cada um
barras<-runif(5,0,10)
#Vc fez o grafico de barras com o comando barplot
barplot(barras)
#Mas na hora de fazer o grafico, atribua ele a uma variavel, como nesse exemplo.
localbarras<-barplot(barras,ylim=c(0,11))
#veja que na variavel em questão ficaram salvos o locais das barras
localbarras
#agora você pode usar o comando text, que escreve dentro da area de plotagem para escrever o que quiser, nessa caso os valores
text(localbarras,barras+0.5,round(barras,digits=2))
#note que eu deixei na hora de vazer o grafico, um espaço em cima com ylim, pra caber as coisas escritas
#outra coisa é que eu usei round para não ficar muito longo os números, que vai ser seu caso também, mas sei la derrepente você pode diminuir a fonte ou girar os números, são opções também.
Espero que tenha ajudado :)
PS. De uma olhada na função colorramp, serve para fazer degrade de cores, pode te ajudar a fazer um degrade como acho que era sua intenção com o cinza ai.
O pacote rcolorbrewer também faz palhetas de cores muito bonitas e funcionais :)