Alexandre, bom dia!

A conversão em numérico decorre do uso de cbind(). Tente com c() ou data.frame(). O uso de as.Date() não é necessário se você já transformou os objetos.

Sugiro simplificar o código com as funções já disponíveis no R. Talvez você pudesse utilizar algo como:
table(tableFE[,6], tableFE[,1])
time <- range(as.Date(tableFE[,11])); time; diff(time)

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Éder Comunello
PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]