Alexandre, bom dia!
A conversão em numérico decorre do uso de cbind(). Tente com c() ou data.frame(). O uso de as.Date() não é necessário se você já transformou os objetos.
Sugiro simplificar o código com as funções já disponíveis no R. Talvez você pudesse utilizar algo como:
table(tableFE[,6], tableFE[,1])
time <- range(as.Date(tableFE[,11])); time; diff(time)