Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.

15 Nov 2012

      *Consegui gerar o PDF usando o R CMD Rd2pdf. Para isso tive que instalar o
texinfo.
 Resumindo, estou conseguindo instalar e comprimir o pacote sem nenhuma
mensagem de erro mas, o check no final diz que há um problema na geração do
PDF. Parte da mensagem do check segue:*

* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking examples ... OK
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
  cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection

*Quando rodo o R CMD Rd2pd o PDF é criado sem problemas. Não sei realmente
o porque disso!*

Obrigado à todos pelas dicas.

[   ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.

Em 15 de novembro de 2012 16:48, Pedro Rafael <
pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:

> *O engraçado é que o pacote instala e funciona sem problemas. Consigo ver
> a documentação em html mas o PDF não foi gerado. Quando dou o R CMD check
> na hora de gerar o pdf ocorre o seguinte erro:*
>
>
> * checking for missing documentation entries ... OK
> * checking for code/documentation mismatches ... OK
> * checking Rd \usage sections ... OK
> * checking Rd contents ... OK
> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
> * checking examples ... OK
> * checking PDF version of manual ... ERROR
> Rd conversion errors:
> Warning: unknown option '-'
> Warning in file(con, "r") :
>   cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
> directory
> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>
> *No arquivo 00install.out aparece como se tivesse tudo ok:*
>
>
> * installing *source* package ‘PRDM’ ...
> ** R
> ** preparing package for lazy loading
> ** help
> *** installing help indices
> ** building package indices
> ** testing if installed package can be loaded
>
> * DONE (PRDM)
>
>
> [   ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 12:47, Pedro Rafael <
> pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
>
> O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que
>> posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
>>
>>
>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>> Rd conversion errors:
>> Warning: unknown option '-'
>> Warning in file(con, "r") :
>>
>>
>> [   ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <
>> ml-node+s2285057n4657028h45@n4.nabble.com> escreveu:
>>
>>  Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui
>>> e você tenta fazer ele ai.
>>>
>>> anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
>>>
>>> fat1<-factor(fat1)
>>>
>>> fat2<-factor(fat2)
>>>
>>> av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
>>>
>>> y<-summary(av)
>>>
>>> return(y)
>>>
>>> }
>>>
>>> Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Olá  Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que
>>> você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
>>>
>>> * checking examples ... ERROR
>>> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
>>> The error most likely occurred in:
>>>
>>> > ### Name: prdm
>>> > ### Title: Meu Pacote
>>> > ### Aliases: prdm
>>> >
>>> > ### ** Examples
>>> >
>>> >  fdp<- #defina o quem e esta variavel
>>> +  fda<- #defina o quem e esta variavel
>>> +  chuetes<- #defina o quem e esta variavel
>>> +  dados<- #defina qual o conjunto de dados
>>> +  prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
>>> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit =
>>> 50000),  :
>>>   object 'chutes' not found
>>> Calls: prdm -> optim
>>> Execution halted
>>>
>>> Você acredita que o erro estava no exemplo?
>>>
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=2>> escreveu:
>>>
>>>  Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para
>>> ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso
>>> o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes
>>> e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
>>>
>>>
>>>
>>> Obrigado.
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2>
>>> > escreveu:
>>>
>>> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal.
>>> Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
>>>
>>>
>>> Obrigado.
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu:
>>>
>>>  Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>>> estamos usando.
>>>
>>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>
>>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>>
>>>  Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>>
>>>  Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>>> Observe que foi retornado pra você um  WARNING no check dos arquivos.Rd
>>> com algumas mensagens de erro.
>>>
>>>  Espero ter te ajudado.
>>>
>>>  Att.
>>>
>>>  Tiago.
>>>
>>>  ------------------------------
>>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro
>>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>>
>>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>>
>>> * using log directory
>>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>>> * using session charset: UTF-8
>>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>>> * checking extension type ... Package
>>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>>> * checking package namespace information ... OK
>>> * checking package dependencies ... OK
>>> * checking if this is a source package ... OK
>>> * checking if there is a namespace ... OK
>>> * checking for executable files ... OK
>>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>>> * checking installed package size ... OK
>>> * checking package directory ... OK
>>> * checking for portable file names ... OK
>>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>>> * checking top-level files ... OK
>>> * checking index information ... OK
>>> * checking package subdirectories ... OK
>>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>>> * checking R files for syntax errors ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>>> * checking replacement functions ... OK
>>> * checking foreign function calls ... OK
>>> * checking R code for possible problems ... OK
>>> * checking Rd files ... WARNING
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>>> * checking Rd metadata ... OK
>>> * checking Rd cross-references ... OK
>>> * checking for missing documentation entries ... OK
>>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>>> * checking Rd \usage sections ... OK
>>> * checking Rd contents ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>>> * checking examples ... OK
>>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>>> Rd conversion errors:
>>> Warning: unknown option '-'
>>> Warning in file(con, "r") :
>>>   cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>>> directory
>>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>>
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
>>> > escreveu:
>>>
>>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
>>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei
>>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT  que
>>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código.
>>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2  é se uma pessoa poderá desmanchar
>>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
>>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por
>>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara
>>> de fora  e reimplementou  o pacote e tirou o nome dos autores antigos e
>>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu  como "autores antigos".
>>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção
>>> do pacote que deve ser respeitada?
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>>  Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>>escreveu:
>>>
>>>
>>>
>>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>>
>>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
>>> de submissão?
>>>
>>>  1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions"  que descreve isto
>>> em
>>> detalhes.
>>>
>>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>>
>>> R CMD check SEU_PACOTE
>>>
>>> e corrija todos os eventuais problemas
>>>
>>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>>> atualizações
>>> > fiquem disponíveis?
>>>
>>>  Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>>
>>> >
>>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
>>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
>>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>>> primeira
>>> > vez?
>>> >
>>>
>>>  Bem vindo ao Universo do Software livre
>>>
>>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>>> quiser
>>>
>>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>>
>>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
>>> livre-se  destas preocupacoes
>>>
>>> >
>>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>>
>>>  Nao sao somente suas.
>>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>>> controvérsias!
>>>
>>> >
>>> > Obrigado à todos.
>>> > [   ],
>>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>> >
>>> >
>>> >
>>>  _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
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>>> discussion below:
>>>
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>>>
>>>
>>>
>>>
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>>>
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>>>
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>>> reproduz�vel.
>>>
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>>> discussion below:
>>>
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>>>
>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=4>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>>> reproduz�vel.
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=5>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>> *prdm.Rd* (1K) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657020/0/prdm.Rd>
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>>>
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>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
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>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>>> reproduz�vel.
>>>
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>>> R-br mailing list
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>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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>>>
>>>
>>> ------------------------------
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>>>
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>>> .
>>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
>>>
>>
>>
>