Prezado,

O seu exemplo não é reproduzível. Todavia, se entendi corretamente sua dúvida, o código abaixo indica como usar as funções pdf() e png() para salvar os gráficos na dimensão que você desejar.

# Conjunto de dados interno do R.
str(iris)

pdf("grafico1.pdf", width = 7, height = 6)
boxplot(Sepal.Length ~ Species, data = iris)
dev.off()

png("grafico2.png", width = 1200, height = 900, res = 196)
boxplot(Sepal.Length ~ Species, data = iris)
dev.off()

À disposição.

Walmes.