Felipe, c, é uma função do R.

Eu não usaria o mesmo nome da função como nome da variável.

Lembrar que isso mascara a função.

Quando vc usa o rm(list=ls())

acaba removendo o vetor que esconde a função e , c, "volta" a ser função.

Ao acessar c com [ ], o interpretador não aceita e gera erro, pois não pode operar subset em função.

Marcus está certo em dizer que houve falha na substituição da variável,

mas eu reitero que não é boa prática usar o mesmo nome, a não ser que sua intenção seja

a de alterar o comportamento como uma espécie de "polimorfismo".