Para evitar o confundimento entre o efeito da riqueza e composição de espécies (efeito de amostragem), a autora aninhou 7 diferentes composições de espécie em cada tratamento. Cada uma dessas composições de espécies foi replicada 2 x (as linhas de poças na fig), tomando aleatoriamente spp de um pool total de 21 espécies. 

Meu objetivo é usar a diversidade filogenética (PD) como um preditor de cada uma das propriedades do ecossistema. Como a PD é uma medida contínua que diz respeito à composição de espécies e suas relações evolutivas, cada uma dessas 7 composições ≠ terá um PD diferente. O problema é que pra cada tratamento eu terei 7 PD's ≠ aninhados. Além disso, ela tomou 6 medidas ao longo do tempo de cada uma das propriedades. 

Eu tentei rodar um modelo misto especificando o desenho aninhado para o efeito aleatório (PD e composição de spp) no lme4, mas tá dando erro (veja o m1 no script). 

dados <- read.csv2("dados1.csv", header = T)

m1 <- lmer(prod ~ factor(div)*factor(time) + factor(div)+ factor(time) + (1|comp) + (factor(PD)/factor(tank)/factor(time)), data = dados)

Então, o gde problema é conseguir fazer com que o efeito aleatório seja aninhado e ainda adicionar as medidas repetidas, ou seja, indicar que foram feitas várias medidas numa mesma unidade amostral (tank, na tabela abaixo) e que o PD é um efeito aleatório, junto com a composição, e está aninhado no efeito fixo (=tratamento) que são os 3 níveis de riqueza. 

  tank treat comp    PD  div time prod  

1   18     1    1  2141.15    1    1  0.259 

2   60     1    1  2141.15    1    1  0.269  

3   20     4    1  2141.15    1    1  0.299  

4   58     4    1  2141.15    1    1  0.294  

5   18     1    1  2141.15    1    2  0.244  

6   60     1    1  2141.15    1    2  0.295