Mateus,
A lógica que você propõe no seu post é a correta e funcionará se em " casos <- UV[UV>=resultado]" resultado for um escalar.
No seu script a linha que parece ser similar ao que você quer é "acima_95 = as.matrix(Con(UV>=Percentile95,UV,Con(UV>=Percentile95, UV, 0))) " onde 'Percentile95' não está definido, e o mais próximo dele seria 'percentile95' (lembre-se que o R é sensível a maiúsculas versus minúsculas) que é resultado de uma chamada a levelplot. . .
SE seu problema for com "a lógica" para obter valores acima de um certo limiar, refaça seu CMR com menos dependências nos pacotes que você chama no seu script, por outro lado se sua dúvida for em alguma função de algum dos pacotes, por favor seja mais centrado no CMR para a gente ver qual é sua dúvida exatamente.
HTH
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Cesar Rabak