Segue uma solução:

library(data.table)

funID <- function(x) nrow(unique(x))

dt.dados <- data.table(dados)
dt.dados[, list(N = funID(.SD)), by = list(ID, CONTRATO)][N > 1]

Eu ia dar a sugestão de usar um split + lapply + do.call, mas poderia ser problemático se houvesse um número grande de combinações ID x CONTRATO.

att,

Rubem