Ao comparar 2 aplicativos certifique-se:

1) a documentação de ambos se refere ao mesmo modelo/estrutura/parametrização/suposição?

2) ambos estão utilizando o mesmo algorítimo de estimação, inclusive os mesmos critérios de parada/convergência?

3) simule dados de estrutura/modelo/parâmetros conhecida e estime pelos dois aplicativos.

Das 3 estruturas que você mencionou, eu nunca vi nada relacionado com a terceira em implementações em R.

À disposição.
Walmes.