Marcelo,

Mudar os níveis dos fatores: relevel();
Não sei ao certo o que você quer dizer sobre teste de ajuste do modelo. Se for para testar a hipótese equidispersão, pode usar a pchisq(), se for para testar inclusão de termos (modelos aninhados) pode usar anova().
Para tabela de contingências use table() e prob.table().
Dê uma olhada no código R dos exemplos de http://www.ats.ucla.edu/stat/dae/

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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