Muito interessante.
So um pensamento, de onde eu acho que o Tinn-R e Studio se enquadram bem.
Para ensino, eu acho uma opção muito importante.
Se você for dar uma aula para 10 pessoas, e cada 2 pessoas usarem algo diferente para escrever o script, a chance de problemas que não tenham nada haver com o script em si fica grande.
Acho que uma opção, de fácil uso, que basta instalar e usar, de forma a facilmente homogeneizar uma sala, com todo mundo usando o mesmo editor e o mesmo R é muito importante e legal. Mas particularmente, eu também não gostei muito da como são plotados os gráficos no R-Studio, dentro da janela maior.
Ainda no tópico de ensino, no primeiro capitulo do livro Analysing Ecological Data (Zuur et al), ele comenta da dificuldade de ensinar R, porque tem que ensinar uma linguagem de programação e estatística ao mesmo tempo, e é comum as pessoas prestarem mais atenção em fazer o código funcionar, e não olhar o que estão fazendo. Ai ele recomenda cursos introdutórios de R antes de um curso de estatística com R, para facilitar. E acho que nisso entra o uso de GUI para o R. Tudo que facilite e torne mais fácil o aprendizado pode ajudar muito, mesmo que depois de um tempo as pessoas migrem para algum GUI mais sofisticado.
Alias foi nesse livro a primeira vez que vi alguém falando para usar o Tinn-R, antes dele eu usava o editor de texto que vem no próprio R.