Olá Ary. Eu trabalhei bastane com o randomForest e talvez pudesse ajudar mais efetivamente se tu pudesse fornecer um código mínimo reproduzível que represente teu problema.
De qualquer maneira, quando me deparei com questão similar à que estás enfrentando, esta referência foi importante e pode te ajudar também (te repasso aqui):

https://stats.stackexchange.com/questions/197827/how-to-interpret-mean-decrease-in-accuracy-and-mean-decrease-gini-in-random-fore


Abraços



Jefferson Ferreira-Ferreira, PhD (abd)

Geographer



Ecosystem Dynamics Observatory - EcoDyn/UNESP

Department of Geography 
Institute of Geosciences and Exact Sciences (IGCE)
São Paulo State University (UNESP)
Rio Claro, SP - Brazil


Em 4 de julho de 2017 21:41, Ary Serpa Neto via R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Pessoal,

Estou iniciando os estudos em Random Forest e gostaria de uma ajuda na interpretação do modelo. Tenho um modelo com diversas variáveis tentando predizer mortalidade hospitalar. Após rodar o random forest, ao verificar a importância de cada uma das variáveis (usando o comando varImpPlot) obtive resultados conflitantes. Uma variável por exemplo é a última no gráfico de Mean Decrease Accuracy (8.079) e a terceira no gráfico de Mean Decrease Gini (154.1359).

Como interpretar e lidar com esta diferença? Neste cenário de predição de mortalidade, qual levar em conta?

Ary Serpa Neto, MD, MSc, PhD
Hospital Israelita Albert Einstein, São Paulo, Brazil (http://www.einstein.br): Department of Critical Care Medicine & Jewish Institute of Education and Research Albert Einstein (http://www.einstein.br/pesquisa)
The PROtective VEntilation NETwork (www.provenet.eu)
Associate Editor: BMC Anesthesiology and BMC Pulmonary Medicine
http://publicationslist.org/a.serpa_neto
http://lattes.cnpq.br/0254664157557375


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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.