Caro José, boa tarde
Comentários no código...
### <code r>
dat <- read.table(text="
V1;V2;V3
7;PARAUNA;FAZENDAS PUBLICAS E 2.CIVEL
7;CACHOEIRA DOURADA;FAMILIA, SUC. INF.JUV. E CIVEL
8;ITUMBIARA;2A CIVEL E FAZ.PUB.EST
108;SAO MIGUEL DO ARAGUAIA;ESCRIVANIA DO CRIME
7;SAO LUIS DE MONTES BELOS;FAMILIA, SUC. INF.JUV. E 1.CIVEL
8;MINEIROS;ESC. FAZ.PUB.REG.PUB.AMB.E 2.CIVEL
7;NEROPOLIS;FAMILIA, SUC. INF.JUV. E 1.CIVEL
7;ITAJA;FAMILIA, SUC. INF.JUV. E CIVEL
8;ANICUNS;FAZENDAS PUBLICAS E 2.CIVEL
8;CALDAS NOVAS;FAZENDAS PUB.REG.PUB.AMB. E 2.CIVEL
8;MINEIROS;ESC. FAZ.PUB.REG.PUB.AMB.E 2.CIVEL
8;MINEIROS;ESC. FAZ.PUB.REG.PUB.AMB.E 2.CIVEL
108;ALEXANIA;ESCRIVANIA DO CRIME
8;CALDAS NOVAS;FAZENDAS PUB.REG.PUB.AMB. E 2.CIVEL
8;ANICUNS;FAZENDAS PUBLICAS E 2.CIVEL
7;RIO VERDE;1A.VARA CIVEL
7;NOVO GAMA;FAZENDAS PUB.REG.PUB.AMB. E 2.CIVEL
16;NOVO GAMA;FAZENDAS PUB.REG.PUB.AMB. E 2.CIVEL
8;MINEIROS;ESC. FAZ.PUB.REG.PUB.AMB.E 2.CIVEL
7;NEROPOLIS;FAMILIA, SUC. INF.JUV. E 1.CIVEL", head=T, sep=";", colClasses="factor")
### A forma a seguir é bem próxima do que você indicou...
with(dat, table(paste(V2, V3, sep=" - "), V1))
### Uma forma melhor seria...
ftable(with(dat, table(V2,V3,V1)))
### No entanto, precisaria descobrir como suprimir as linhas com valores zerados...
### </code>