Estou certo de que haverão soluções inteligentes de BC, HD e PJ, entre outros, minha solução rápida seria

dna <- c("A","T","G","C") # bases do DNA
d1 <- as.data.frame(matrix(sample(dna,20,TRUE), ncol=4), stringsAsFactors=FALSE)
d2 <- as.data.frame(matrix(sample(dna,20,TRUE), ncol=4), stringsAsFactors=FALSE)

colcom <- intersect(names(d1), names(d2)) # colunas comuns

sap <- sapply(colcom,
              function(i){
                ifelse(d1[,i]==d2[,i],1,0)
              })
as.data.frame(sap)

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
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