Eu já obtive esse erro com readLines() porque era necessário um line feed na última linha do arquivo em disco ("dar um Enter"). No seu caso a mensagem é a mesma, só que nesse caso o comando não consegue reconhecer o final da última linha que está na memória ("clipboard"). Qual a origem do texto copiado (aplicativo ou browser)? Poderia tentar colar o texto num editor de texto do linux e recopiar pra ver se funciona?