2013/8/28 <alanarocha@sapo.pt>

eu pretendo obter o gráfico das médias dos meus dados
Clínica 1s09 1s10 1s11 1s12 1s13
1 Arcos de Valdevez 70.5 73.9 75.7 81.0 77.9
2 Braga 72.5 79.9 77.3 73.4 81.8
3 Fafe 74.7 74.7 71.1 80.0 80.0
4 Maia 76.7 72.7 77.3 78.1 80.5
5 VNGaia 84.6 84.3 83.4 81.8 73.3
6 SMFeira 73.0 73.8 76.7 79.4 68.5
7 Viseu 67.4 75.7 75.6 74.5 76.7
8 Guarda 70.6 65.4 68.7 78.9 81.7
9 Covilhã 76.7 76.0 76.4 81.3 79.4
10 Coimbra 77.5 77.9 77.0 77.7 80.6
11 Abrantes 84.0 81.2 82.9 79.1 80.0
12 Entroncamento 74.4 73.5 74.1 72.0 72.7
13 Santarém 75.2 69.0 80.6 83.3 78.9
14 TVedras 70.6 74.1 81.1 78.5 83.3
15 VFXira 70.7 76.7 78.3 79.7 80.3
16 Alverca 74.3 80.9 84.4 80.2 81.4
17 Amadora 69.5 70.5 74.7 75.5 69.8
18 Lumiar 71.4 72.3 73.2 76.9 77.0
19 Restelo 71.2 69.7 72.5 74.0 78.1
20 CUF 64.2 65.5 71.6 66.5 66.7
21 SAMS 78.8 82.9 84.0 82.3 83.5
22 Montijo 77.3 71.4 69.8 84.3 77.0
23 Barreiro 78.6 78.6 77.8 77.6 74.4
24 Almada 76.5 73.1 74.8 78.2 75.8
25 Seixal 78.6 75.4 80.9 80.0 80.2
26 Setúbal 76.3 79.8 78.2 74.8 73.5
27 Portalegre 77.0 80.0 80.1 77.7 74.7
28 Évora 81.2 79.6 80.9 81.8 83.6
29 Grândola 75.9 78.4 80.2 78.8 79.4
30 Beja 73.9 76.4 75.0 67.8 73.3
31 Tavira 73.0 66.5 66.9 75.1 74.3
32 Faro 70.6 78.5 79.1 77.6 74.5
33 Portimão 71.9 80.2 79.0 80.6 79.0

Média 74.52 75.41 76.95 77.83 77.33
eu com o seguinte codigo quero desenhar o gráfico:
medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias
points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot

que me esta a dar um erro
e não desenha o grafico
Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) :
plot.new has not been called yet

obrigada
Ana

Quoting r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br:

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Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."

Tópicos de Hoje:

1. [OFF-TOPIC] Meetup sobre Visualização de Dados (Fabrício Tavares)
2. Re: geoestatistica (Marcelo Albuquerque)
3. Pacote ltm (Felipe Buchbinder)
4. Re: Selecionar variáveis conforme linhas (Roney Fraga Souza)
5. Escolha da estrutura de correlação gnls
(Fernando Antonio de souza)
6. Re: geoestatistica (Elias Teixeira Krainski)
7. Re: Selecionar variáveis conforme linhas (Rogério Barbosa)
8. Re: Selecionar variáveis conforme linhas (Éder Comunello)
9. Re: Arquivos hdf (Tito Conte)
10. gráfico ggplot2 (geovane barbosa)
11. Re: geoestatistica (Marcelo Albuquerque)
12. gráfico de médias (alanarocha@sapo.pt)

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Message: 1
Date: Tue, 27 Aug 2013 15:10:59 -0300
From: Fabrício Tavares <fabriciotavareso@gmail.com>
To: Lista R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] [OFF-TOPIC] Meetup sobre Visualização de Dados
Message-ID:
<CA+ygYG3GmtAk_MFrMW5ZvKhQd1HOJ1o_tBXN-QKixajXHYuDSA@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Olá pessoal,

estou organizando o primeiro meetup sobre visualização de dados, com foco
no d3js (uma biblioteca em js similar ? mas mais "low level" ? ao pacote
ggplot2), aqui em Belo Horizonte.

Quem tiver interesse, pode acessar o evento em:
http://www.meetup.com/d3js-BH/events/128766152/

Se você trabalha bastante com visualizações, principalmente interativas
(algo como o Shiny), ou se deseja conhecer um pouco mais sobre
visualizações de dados na web, tente comparecer!

Obs.: Não é necessário ter conhecimento de JavaScript para participar.

Abs,

Fabrício
fabriciotav.org
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------------------------------

Message: 2
Date: Tue, 27 Aug 2013 16:01:10 -0300
From: Marcelo Albuquerque <marceloralbuquerque@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] geoestatistica
Message-ID:
<CANUCDOnqaybDPYfiKtWFfN-Wjjs6qGeRR21yiuRstLAjwyje3w@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Interessante!
Por acaso você conhece algum artigo em que se aplique esta abordagem
Bayesiana da geostatística a um reservatório de petróleo ou a uma jazida
mineral?

Abs,
marcelo

Em 27 de agosto de 2013 04:20, Elias T Krainski
<eliaskrainski@yahoo.com.br>escreveu:

Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e'
estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based':
1 - verossimilhantista:
http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9
2 - bayesiana:

http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probability/dp/158488410X

Att.
Elias

On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:

Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o
tema:

http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/

att,

Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz <
gilbert_queiroz@yahoo.com.br> escreveu:

Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara.
Abs.

------------------------------
*De:* Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com>
*Para:* r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
*Enviadas:* Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09
*Assunto:* [R-br] geoestatistica

Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para comandos do R,
mas conceitualmente?

--
Hélio Gallo Rocha
IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
código mínimo reproduzível.

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Hélder Gramacho dos Santos
Engenheiro Agrônomo
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Message: 3
Date: Tue, 27 Aug 2013 16:52:27 -0300
From: Felipe Buchbinder <felbuch@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Pacote ltm
Message-ID:
<CAA9iaD0vBW0gAcrAHD_XzhgS6x0HhKQ-RH1_RBW43GqgYS47Aw@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Professores,

Estou tentando ganhar familiaridade com a função rmvordlogis do pacote ltm,
de Teoria de Resposta ao Item.

Para isto, tentei gerar a função tal qual descrita no arquivo de ajuda do
pacote. A única diferença é que eu inclui o parâmetro model = "grm''

thetas <- lapply(1:5, function(u) c(seq(-1, 1, len = 2), 1.2))
x <- rmvordlogis(10,thetas,model = "grm")

A resposta que eu obtive foi a seguinte:

Erro em sample(ncatg[j], 1, prob = probs[[j]][i, ]) :
probabilidade não positiva

O que pode estar ocasionando este problema e como eu poderia gerar resposas
para o caso GRM?

Desde já obrigado!

Felipe Buchbinder
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Message: 4
Date: Tue, 27 Aug 2013 16:01:35 -0400
From: Roney Fraga Souza <roneyfraga@gmail.com>
To: R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
Message-ID: <ACA13B38-1BE0-456A-85AF-86473872A27A@gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Éder Comunello,

Muito, muito obrigado! Estava empacado nesse cálculo.

Roney
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Message: 5
Date: Tue, 27 Aug 2013 17:18:34 -0300
From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Escolha da estrutura de correlação gnls
Message-ID:
<CAFrWFsmoT5q4W2rSAO964YL-gc7=YOK1Y88NmuQJ8nLeeETrwQ@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Caros colegas

Estou trabalhando com dados de produção de gases em vitro no qual estou
ajustando um modelo de produção cumulativa de gases ao longo do tempo.

Neste tipo de dados as medidas de produção de gases em tempos p?oximos
estão correlacionados e esta correlação é reduzida pela distância entre as
medidas.

No pacote nlme (pinheiro e Bates) fornece diversas estruturas de correlação
para modelar esta dependência entre as medidas.

Estou seguindo o livro do Pinheiro e Bates "Mixed-Effects Models in S and
S-Plus" e neste livro ele utiliza a função ACF(função de autocorrelação
empirica) para obter a correlação entre respostas a diferentes distancias
(lag's) e a observação desse comportamento ajuda na escolha da estrutura a
utilizar.

Este procedimento, me pareceu simples para definir a estrutura AR1() , mas
não para outras estruturas como ARMA1(), CAR1().

Minha dúvida é a seguinte: Como definir a melhor estrutura de correlação e
como avaliar a efetividade da estrutura escolhida.
P.ex:quando a correlação não reduz com o aumento da distância entre
observações, ou quando ela reduz e volta a elevar-se, como definir a melhor
estrutura.

atenciosamente
-------------- Próxima Parte ----------
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Message: 6
Date: Tue, 27 Aug 2013 23:11:59 +0200
From: Elias Teixeira Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] geoestatistica
Message-ID: <521D161F.4020106@yahoo.com.br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"

Especificamente sobre petróleo, veja
http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.30.4850
e mais coisas em
http://www.math.ntnu.no/ure/refs.html

Certa vez vi uma apresentação num congresso de alguem que trabalhava
numa petrolífera. O grande problema era a necessidade de predição em
alta resolução. Nesta direção há três abordagens desenvolvidas recentemente
1 - process convolution models (Higdon, 1998; Xia and Gelfand, 2005)
2 - predictive process, or fixed-rank Kriging, models (Banerjee et
al., 2008; Cressie and Johannesson, 2008),
3 - stochastic partial differential equation models of Lindgren et al.
(2011).

D. Higdon. A process-convolution approach to modelling temperatures in
the North Atlantic Ocean. Environmental and Ecological Statistics,
5(2):173--190, 1998

G. Xia and A. Gelfand. Stationary process approximation for the
analysis of large spatial datasets. ISDS Discussion Paper 2005-24, Duke
University, Durham, NC, 2005

S. Banerjee, A. E. Gelfand, A. O. Finley, and H. Sang. Gaussian
predictive process models for large spatial datasets. Journal of the
Royal Statistical Society, Series B, 70(4):825--848, 2008.

N. A. C. Cressie and G. Johannesson. Fixed rank kriging for very large
spatial data sets. Journal ofthe Royal Statistical Society, Series B,
70(1):209--226, 2008

Lindgren, H. Rue, and J. Lindstr ?om. An explicit link between
Gaussian fields and Gaussian Markov random fields: The stochastic
partial differential equation approach (with discussion).Journal of the
Royal Statistical Society. Series B. Statistical Methodology,
73(4):423--498, September 2011.

Att.
Elias

On 27/08/13 21:01, Marcelo Albuquerque wrote:

Interessante!
Por acaso você conhece algum artigo em que se aplique esta abordagem
Bayesiana da geostatística a um reservatório de petróleo ou a uma
jazida mineral?

Abs,
marcelo

Em 27 de agosto de 2013 04:20, Elias T Krainski
<eliaskrainski@yahoo.com.br <mailto:eliaskrainski@yahoo.com.br>> escreveu:

Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e'
estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based':
1 - verossimilhantista:
http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9
2 - bayesiana:
http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probability/dp/158488410X

Att.
Elias

On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:

Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático
sobre o tema:

http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/

att,

Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz
<gilbert_queiroz@yahoo.com.br
<mailto:gilbert_queiroz@yahoo.com.br>> escreveu:

Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara.
Abs.

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*De:* Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com
<mailto:heliogallorocha@gmail.com>>
*Para:* r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br
<mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>>
*Enviadas:* Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09
*Assunto:* [R-br] geoestatistica

Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para
comandos do R, mas conceitualmente?

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Hélio Gallo Rocha
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Message: 7
Date: Tue, 27 Aug 2013 18:58:39 -0300
From: Rogério Barbosa <antrologos@gmail.com>
To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
Message-ID:
<CAM+NV=0otnRExvGkfROtuy_HFRvYvrQidL7gagdsF4WNiCu+-w@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Olás, Roney e Éder,

Caso o banco de dados seja grande, um procedimento com um loop (for) pode
acabar demorando. Aqui embaixo segue um código, apenas com atribuições
simples (menos "elegante"...), mas que pode funcionar mais rápido,

abraços,
Rogério

##################################################

# Número de relações dentro do próprio grupo
data$rel.grupo =NA
data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 1]=data$g.1[data$pessoa.grupo == 1]
data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 2]=data$g.2[data$pessoa.grupo == 2]
data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 3]=data$g.3[data$pessoa.grupo == 3]
data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 4]=data$g.4[data$pessoa.grupo == 4]

# Calculo da proporção de relações dentro do próprio grupo
data$prop.rel.grupo = data$rel.grupo/rowSums(data[,3:6], na.rm = TRUE, dims
= 1)

# Média de relações (desconsiderando o valor zero)
data$rel.media = rowSums(data[,3:6], na.rm = TRUE)/rowSums(data[,3:6]>0)

data #resultado

2013/8/27 Roney Fraga Souza <roneyfraga@gmail.com>

Éder Comunello,

Muito, muito obrigado! Estava empacado nesse cálculo.

Roney

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Message: 8
Date: Tue, 27 Aug 2013 20:39:19 -0400
From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
Message-ID:
<CABmC8gko-WpF2fS6qz4kZqEarFMKnTrSAvXhVuh2ChyAkDBBHw@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Senhores, boa noite!

Muito legal as dicas do colega Rogério. E acabei achando um outro porém no
código que passei. Usei a coluna 'data$tc' como total, ao invés de calcular
e pude observar que ela está incorreta nas duas últimas observações do
exemplo (u e v).

Se optar por utilizar o código que passei, tem que corrigir a coluna 'tc".
Tem várias formas de fazer isso, mas aproveitando as dicas do colega
Rogério, sugiro rodar o comando abaixo antes do loop (for).

data[,7] = rowSums(data[,3:6]) # recalcula data$tc

Outra opção é partir diretamente pro código que ele forneceu.

Até mais,

--
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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------------------------------

Message: 9
Date: Wed, 28 Aug 2013 08:52:46 -0300
From: Tito Conte <tito.conte@gmail.com>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Arquivos hdf
Message-ID:
<CACqq46zPsV4Xrpw9ZnO=GtdhAieokyzGhO5x-5qb-T4LSzMj3Q@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Thiago, sua solução foi MUITO BOA! OBRIGADO!

Tito Conte

2013/8/13 Eder Comunello <ecomunel@gmail.com>

Caro Tito, bom dia!

Apenas cogitando... Os arquivos podem ser HDF4 e não HDF5. Não sei se foi
corrigido, mas no passado o pacote hdf5() não abria arquivos HDF4
diretamente e era necessário convertê-los primeiro.

No endereço que segue abaixo tem inclusive o link pra um conversor:

[R] hdf files
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-January/225901.html

--
Éder Comunello <e <comunello.eder@gmail.com>comunel@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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------------------------------

Message: 10
Date: Wed, 28 Aug 2013 06:07:04 -0700 (PDT)
From: geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] gráfico ggplot2
Message-ID:
<1377695224.60588.YahooMailNeo@web121502.mail.ne1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Olá pessoal bom dia. Como eu faço para gerar um gráfico no ggplot com esse tipo de dados.

RR
LBRR UBRR
Lag0 1,0097 -1,0360 1,0578
Lag1 1,0477 -1,0003 1,0980
Lag2 1,0583 1,0100 1,1089
MA01 1,0420 -1,0547 1,1029
MA02 1,0806 1,0103 1,1557
MA03 1,0603 -1,0167 1,1432
MA04 1,0657 -1,0182 1,1568
MA05 1,0971 1,0033 1,1995

abraços pessoal
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Message: 11
Date: Wed, 28 Aug 2013 11:02:18 -0300
From: Marcelo Albuquerque <marceloralbuquerque@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] geoestatistica
Message-ID:
<CANUCDOk0dRiZ5F6qZCq6BZqzvOUD-Uwd4cAFit-BOtVbUaU2MQ@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Ok, Obrigado Elias!
Já vi estudos utilizando o Ensemble Kalman Filter, liderados pelo Emerick (
https://sites.google.com/site/aemerick/) que, pelo que me lembro, utilizam
dados dinâmicos de produção para obter uma distribuição a posteriori de
propriedades de reservatório. Mas não tenho familiaridade suficiente com o
trabalho dele para saber se ou como ele inclui dados estáticos, amostras de
testemunhos e perfis de poço, normalmente utilizados na geostatística
clássica.

Abs

Em 27 de agosto de 2013 18:11, Elias Teixeira Krainski <
eliaskrainski@yahoo.com.br> escreveu:

Especificamente sobre petróleo, veja
http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.30.4850
e mais coisas em
http://www.math.ntnu.no/ure/refs.html

Certa vez vi uma apresentação num congresso de alguem que trabalhava numa
petrolífera. O grande problema era a necessidade de predição em alta
resolução. Nesta direção há três abordagens desenvolvidas recentemente
1 - process convolution models (Higdon, 1998; Xia and Gelfand, 2005)
2 - predictive process, or fixed-rank Kriging, models (Banerjee et al.,
2008; Cressie and Johannesson, 2008),
3 - stochastic partial differential equation models of Lindgren et al.
(2011).

D. Higdon. A process-convolution approach to modelling temperatures in
the North Atlantic Ocean. Environmental and Ecological Statistics,
5(2):173?190, 1998

G. Xia and A. Gelfand. Stationary process approximation for the analysis
of large spatial datasets. ISDS Discussion Paper 2005-24, Duke University,
Durham, NC, 2005

S. Banerjee, A. E. Gelfand, A. O. Finley, and H. Sang. Gaussian
predictive process models for large spatial datasets. Journal of the Royal
Statistical Society, Series B, 70(4):825?848, 2008.

N. A. C. Cressie and G. Johannesson. Fixed rank kriging for very large
spatial data sets. Journal ofthe Royal Statistical Society, Series B,
70(1):209?226, 2008

Lindgren, H. Rue, and J. Lindstr ?om. An explicit link between Gaussian
fields and Gaussian Markov random fields: The stochastic partial
differential equation approach (with discussion).Journal of the Royal
Statistical Society. Series B. Statistical Methodology, 73(4):423?498,
September 2011.

Att.
Elias

On 27/08/13 21:01, Marcelo Albuquerque wrote:

Interessante!
Por acaso você conhece algum artigo em que se aplique esta abordagem
Bayesiana da geostatística a um reservatório de petróleo ou a uma jazida
mineral?

Abs,
marcelo

Em 27 de agosto de 2013 04:20, Elias T Krainski <
eliaskrainski@yahoo.com.br> escreveu:

Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e'
estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based':
1 - verossimilhantista:

http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9
2 - bayesiana:

http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probability/dp/158488410X

Att.
Elias

On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:

Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o
tema:

http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/

att,

Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz <
gilbert_queiroz@yahoo.com.br> escreveu:

Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara.
Abs.

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*Para:* r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
*Enviadas:* Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09
*Assunto:* [R-br] geoestatistica

Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para comandos do R,
mas conceitualmente?

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Hélio Gallo Rocha
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Message: 12
Date: Wed, 28 Aug 2013 15:32:07 +0100
From: alanarocha@sapo.pt
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] gráfico de médias
Message-ID:
<20130828153207.Horde.MsOEfx3HAoJSHgnnvRmQRsA@mail.sapo.pt>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed; DelSp=Yes

alguém me pode esplicar porque este codigo não me esta a devolver o
grafico das médias?
medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias
points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot
Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) :
plot.new has not been called yet

obrigada.
aqui fica tambem o meu script:
https://dl.dropboxusercontent.com/u/9337305/teste_hgb.R
Ana
Quoting r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br:

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Message: 1
Date: Mon, 26 Aug 2013 15:09:28 -0300
From: Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com>
To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] geoestatistica
Message-ID:
<CA+ppPW6jup_0b9Aff7OyBZyVHTmsiu2HhaykLQMiFB0vqtkLQw@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

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Message: 2
Date: Mon, 26 Aug 2013 19:17:11 +0000 (UTC)
From: Iago Carvalho Cunha via LinkedIn <member@linkedin.com>
To: Fábio C. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Fábio, let's connect on LinkedIn
Message-ID:
<886206432.29600108.1377544631383.JavaMail.app@ela4-app3746.prod>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

LinkedIn
------------

Iago Carvalho Cunha requested to add you as a connection on LinkedIn:

------------------------------------------

I'd like to add you to my professional network on LinkedIn.

Accept invitation from Iago Carvalho Cunha
http://www.linkedin.com/e/-33g73l-hku2i88j-z/vhj1xG42iBdUFK5d_HMEGL4iFMC511ylQq2qub/blk/I639788691_10/3wOtCVFbmdxnSVFbm8JrnpKqlZJrmZzbmNJpjRQnOpBtn9QfmhBt71BoSd1p65Lr6lOfP0NnP4VdzwUdPAPdAALe4lcc4VUslgLdzcVdPcOdjoMdz4LrCBxbOYWrSlI/eml-comm_invm-b-in_ac-inv28/?hs=false&tok=0YDumN81HBkRU1

View profile of Iago Carvalho Cunha
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Message: 3
Date: Mon, 26 Aug 2013 15:57:18 -0700 (PDT)
From: Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] geoestatistica
Message-ID:
<1377557838.5243.YahooMailNeo@web162705.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara.
Abs.

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De: Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com>
Para: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Enviadas: Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09
Assunto: [R-br] geoestatistica

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Message: 4
Date: Mon, 26 Aug 2013 22:07:17 -0300
From: Helder Gramacho <agrohelder@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Gilbert Queiroz
<gilbert_queiroz@yahoo.com.br>
Subject: Re: [R-br] geoestatistica
Message-ID:
<CAM0Q+6iir4LbAdS-1WW46-Bzqf0zd_qO6mNMB1kxvVPi=Qss=Q@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o tema:

http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/

att,

Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br

escreveu:

Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara.
Abs.

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Message: 5
Date: Mon, 26 Aug 2013 22:50:25 -0300
From: Heloíse Pavanato <helopavanato@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] path analysis - pacote agricolae
Message-ID:
<CAPw23dHezYd1i4Rk8HfoyLA2MQenq8=HZY=qBMJvRR+A_MAAMA@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Boa noite,

Estou com uma dúvida sobre path analysis no pacote agricolae.

No exemplo do manual do pacote se usa a correlação de Pearson para depois
computar os coeficientes da análise.

Minha dúvida é se posso utliizar correlação de Spearman ao invés, já que
meus dados não são normais, gostaria de saber se isso bastaria.
Se alguém tiver alguma outra sugestão será muito bem-vinda.

O CRM segue abaixo:

# dados:
y <- c(77, 92, 94, 95, 79, 87, 91, 70, 65, 69, 68, 56, 71, 67,
62, 95, 91, 78,
90, 85, 83, 78, 65, 77, 87, 43, 55, 63, 66, 87, 67, 70,
69, 30, 28, 44,
67, 89, 82, 36, 60, 52, 14, 19, 51, 22, 37, 15, 86, 79,
31, 35, 15, 96,
89, 88, 92, 90, 18, 15, 13, 93, 95, 83, 95, 100, 100, 84,
90, 93, 74, 78,
73, 69, 75, 67, 68, 100, 95, 94, 94, 88, 93, 83, 73, 88,
95, 71, 69, 71,
74, 100, 71, 77, 73, 56, 52, 62, 75, 93, 88, 44, 72, 60,
27, 33, 69, 35,
44, 27, 93, 87, 56, 52, 27, 98, 94, 90, 96, 95, 26, 20,
16, 94, 97, 100)

temp <- c(26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 25.83, 25.83,
25.83, 25.83, 25.83,
25.83, 25.83, 25.83, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40,
26.40, 26.40, 26.13,
26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 25.60, 25.60,
25.60, 25.60, 25.60,
25.60, 25.60, 25.60, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96,
24.96, 24.96, 25.30,
25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 26.76, 26.76,
26.76, 26.76, 26.76,
26.76, 26.76, 26.76, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36,
24.36, 23.80, 23.80,
23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26,
24.26, 24.26, 24.26,
24.26, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70,
23.06, 23.06, 23.06,
23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93,
21.93, 21.93, 21.93,
21.93, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30,
24.00, 24.00, 24.00,
24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00)

pluv <- c(136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.0, 136.0,
136.0, 136.0, 136.0,
136.0, 136.0, 136.0, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3,
112.3, 112.3, 65.3,
65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 66.0, 66.0,
66.0, 66.0, 66.0,
66.0, 66.0, 66.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0,
65.0, 65.0, 53.0,
53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0,
53.0, 53.0, 53.0,
53.0, 53.0, 53.0, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6,
254.6, 256.6, 256.6,
256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3,
231.3, 231.3, 231.3,
231.3, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6,
126.6, 126.6, 126.6,
126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0,
118.0, 118.0, 118.0,
118.0, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6,
57.6, 57.6, 57.6,
57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6)

# shapiro-wilk
shapiro.test(y)
shapiro.test(x$temperatura) # não é normal!
shapiro.test(x$pluviosidade)

x <- data.frame(temp,pluv)

# path analysis
require(agricolae)
cor.y <- correlation(y,x)$correlation
cor.x <- correlation(x)$correlation
path.analysis(cor.x,cor.y)

Grata,
Heloise
-------------- Próxima Parte ----------
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Message: 6
Date: Mon, 26 Aug 2013 23:00:08 -0300
From: "Maicon J. Galiazzi" <maicon_galiazzi@hotmail.com>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Manual
Message-ID: <BLU171-W1095CDC97ABFB13A0029C39C4A0@phx.gbl>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Olá, estou desenvolvendo um manual de fácil utilização ao usuário, e
no momento estou descrevendo a interfacedo software R Stuio
0.97.551, assim como a barra de ferramentas do mesmo.

Podem me indicar algum material no qual posso conferir?

Desde já agradeço!

Att Maicon J. Galiazzi
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Message: 7
Date: Mon, 26 Aug 2013 23:21:11 -0300
From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Manual
Message-ID:
<CAFrWFs=Hx_ULkhix6XAoEsEBhhdte=y3S51-vvnxY7q246K1Fg@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Este livro aqui http://it-ebooks.info/book/1575/, é um tutorial sobre
Rstudio

abçs

Em 26 de agosto de 2013 23:00, Maicon J. Galiazzi <
maicon_galiazzi@hotmail.com> escreveu:

Olá, estou desenvolvendo um manual de fácil utilização ao usuário, e no
momento estou descrevendo a interface
do software R Stuio 0.97.551, assim como a barra de ferramentas do mesmo.

Podem me indicar algum material no qual posso conferir?

Desde já agradeço!

Att Maicon J. Galiazzi

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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
código mínimo reproduzível.

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Message: 8
Date: Tue, 27 Aug 2013 09:20:08 +0200
From: Elias T Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] geoestatistica
Message-ID: <521C5328.3030902@yahoo.com.br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"

Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e'
estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based':
1 - verossimilhantista:
http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9
2 - bayesiana:
http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probability/dp/158488410X

Att.
Elias

On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:

Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o
tema:

http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/

att,

Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz
<gilbert_queiroz@yahoo.com.br <mailto:gilbert_queiroz@yahoo.com.br>>
escreveu:

Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara.
Abs.

------------------------------------------------------------------------
*De:* Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com
<mailto:heliogallorocha@gmail.com>>
*Para:* r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br
<mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>>
*Enviadas:* Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09
*Assunto:* [R-br] geoestatistica

Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para comandos
do R, mas conceitualmente?

--
Hélio Gallo Rocha
IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Hélder Gramacho dos Santos
Engenheiro Agrônomo
Mestrando Ciênc. Geod. Tec. Geoinformação-UFPE
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Message: 9
Date: Tue, 27 Aug 2013 06:40:47 -0400
From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
Message-ID:
<CABmC8gkFBHiY8ONL=-xwo7DwsUxKyisvDg0pOPrxABxAvyuK2w@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Roney, bom dia!

Não deve ser a melhor forma, mas o código abaixo pode ser um começo...

# <BEGIN>
#install.packages('repmis')
library(repmis)
FinURL <- paste0("
https://dl.dropboxusercontent.com/u/61883020/2013-08-25-r-br.csv")

data <- repmis::source_data(FinURL, sep = ",", header = TRUE)

dim(data); head(data)

data$new = 0; data$prop = 0; data$medlnk= 0
str(data)
for (i in 1:length(data[,1])){ # para cada linha
col = data[i,2]+2 # coluna do grupo dado
dado = data[i,col] # dado para a coluna calculada
nlink = length(data[1,3:6]>0) # núm de grupos com valor
(ligações)
data[i,8] = dado # aloja o dado
data[i,9] = dado/(data[i,7]-dado) # total - dado do grupo
data[i,10] = data[i,7]/nlink # total/núm ligações
}
head(data)
#<END>

head(data)

pessoa pessoa.grupo g.1 g.2 g.3 g.4 tc new prop medlnk
1 a 3 360 913 1407 674 3354 1407 0.7226502 838.50
2 b 2 235 693 588 384 1900 693 0.5741508 475.00
3 c 4 355 435 285 524 1599 524 0.4874419 399.75
4 e 3 37 129 258 80 504 258 1.0487805 126.00
5 f 1 317 40 14 95 466 317 2.1275168 116.50
6 g 2 17 216 88 27 348 216 1.6363636 87.00

--
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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Message: 10
Date: Tue, 27 Aug 2013 09:17:09 -0400
From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
Message-ID:
<CABmC8g=qhcymTougJBpgWn-1KbGk1nQHg3W1fd54g9i0kfQnQg@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Corrigindo...

Tinha um erro no cálculo do nlink, que retornava sempre 4...

Segue a modificação.

# <BEGIN>
#install.packages('repmis')
library(repmis)
FinURL <- paste0("
https://dl.dropboxusercontent.com/u/61883020/2013-08-25-r-br.csv")

data <- repmis::source_data(FinURL, sep = ",", header = TRUE)

dim(data); head(data)

data$new = 0; data$prop = 0; data$medlnk= 0; data$nlink=0
str(data)
for (i in 1:length(data[,1])){ # para cada linha
col = data[i,2]+2 # coluna do grupo dado
dado = data[i,col] # dado para a coluna calculada
nlink = length(which(data[i,3:6]>0)) # núm de grupos com valor
(ligações)
data[i,8] = dado # aloja o dado
data[i,9] = dado/(data[i,7]-dado) # total - dado do grupo
data[i,10] = data[i,7]/nlink # total/núm ligações
data[i,11] = nlink
}
tail(data)
#<END>

tail(data)

pessoa pessoa.grupo g.1 g.2 g.3 g.4 tc new prop medlnk nlink
15 q 3 8 49 157 17 231 157 2.1216216 57.75000 4
16 r 2 27 138 33 27 225 138 1.5862069 56.25000 4
17 s 2 32 82 25 77 216 82 0.6119403 54.00000 4
18 t 3 12 16 183 3 214 183 5.9032258 53.50000 4
19 u 4 0 54 33 90 212 90 0.7377049 70.66667 3
20 v 3 0 0 135 11 211 135 1.7763158 105.50000 2

--
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/99c14733/attachment-0001.html>

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Message: 11
Date: Tue, 27 Aug 2013 14:30:55 +0100
From: alanarocha@sapo.pt
To: sandro.matos@vodafone.com, R-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] erros
Message-ID:
<20130827143055.Horde.GRORLQQDb4VSHKoP4OyAGAA@mail.sapo.pt>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed; DelSp=Yes

estes são os erros de grafico que estou a ter como resolvo?
boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que
os eixos não sejam desenhados
title(col.name="blue",main= 'Indicador Hemoglobina, semestres
compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico
Warning message:
In title(col.name = "blue", main = "Indicador Hemoglobina, semestres
compreendidos entre 2009 e 2013") :
"col.name" is not a graphical parameter
title(col.xlab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X
Warning message:
In title(col.xlab = "blue", xlab = "semestres") :
"col.xlab" is not a graphical parameter
title(col.ylab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y
Warning message:
In title(col.ylab = "blue", ylab = "Percentual") :
"col.ylab" is not a graphical parameter
box() # Desenha a caixa em torno do gráfico
axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico
axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no
eixo X (representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas dos
semestres compreendidos entre 1s09 e 1s2013

medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias

points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot

Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) :
plot.new has not been called yet

------------------------------

Message: 12
Date: Tue, 27 Aug 2013 11:03:47 -0300
From: Rogério Barbosa <antrologos@gmail.com>
To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Cc: sandro.matos@vodafone.com
Subject: Re: [R-br] erros
Message-ID:
<CAM+NV=2OSOdRDuZWw81EZB6NJ7HKQoXLokqYCC0oA8cMe-xTeA@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Aqui vai, Alana,

Como você não compartilhou um conjunto mínimo de dados para a reprodução do
seu exemplo, inventei algumas variáveis.

abs,
Rogério

###################################

rm(list=ls())

####### "Invenção" de um conjunto de dados
n=500
col.1 = rep(NA,n)
s1.2009 = cumsum(rnorm(n))
s1.2010 = cumsum(rnorm(n))
s1.2011 = cumsum(rnorm(n))
s1.2012 = cumsum(rnorm(n))
s1.2013 = cumsum(rnorm(n))

dados = data.frame(cbind(col.1, s1.2009,s1.2010,
s1.2011,s1.2012, s1.2013))

####### Gráfico:

boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os
eixos não sejam desenhados
title(col.main="blue",
main= 'Indicador Hemoglobina, \n semestres compreendidos entre 2009 e
2013') # Acrescenta o título do gráfico === o comando era col.main

title(col.lab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X
==== o comando era apenas col.lab
title(col.lab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y

box() # Desenha a caixa em torno do gráfico
axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico
axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X
(representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas dos semestres
compreendidos entre 1s09 e 1s2013

medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias
points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot
=== só pode ser usado se o boxplot já estiver plotado.

2013/8/27 <alanarocha@sapo.pt>

estes são os erros de grafico que estou a ter como resolvo?
boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os
eixos não sejam desenhados
title(col.name="blue",main= 'Indicador Hemoglobina, semestres
compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico
Warning message:
In title(col.name = "blue", main = "Indicador Hemoglobina, semestres
compreendidos entre 2009 e 2013") :
"col.name" is not a graphical parameter
title(col.xlab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X
Warning message:
In title(col.xlab = "blue", xlab = "semestres") :
"col.xlab" is not a graphical parameter
title(col.ylab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y
Warning message:
In title(col.ylab = "blue", ylab = "Percentual") :
"col.ylab" is not a graphical parameter
box() # Desenha a caixa em torno do gráfico
axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico
axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X
(representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas dos semestres
compreendidos entre 1s09 e 1s2013

medias<-apply(dados[,-1],2,**mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias

points(medias,col="red",pch=**17) # Adiciona os pontos das médias no
boxplot

Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) :
plot.new has not been called yet

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https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br>
Leia o guia de postagem
(http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>)
e forneça código mínimo reproduzível.

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Subject: Legenda do Digest

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Fim da Digest R-br, volume 32, assunto 26
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Fim da Digest R-br, volume 32, assunto 27
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