Se o seu experimento é um DBC onde se tem os efeitos de bloco e tratamento (efeitos aditivos) a perda de parcela não causa problemas de estimabilidade, eu seja, todos os efeitos são estiméveis, bem como todos os contrates (por consequência). Então é rodar a anova usual lm(y~bloco+trat). O que vai acontecer é ter precisões diferentes nas estimativas dos efeitos e isso te impede de usar testes de médias baseados em diferença mínima significativa (dms) constante, como o Tukey, t, etc. Mas para isso você pode usar as implementações disponíveis na multcomp::glht(). Além do mais, você ainda pode seguir as sugestões do Éder de usar modelos mistos declarando o efeito de bloco como aleatório. Como o professor Paulo disse, estimar parcela perdida não se justifica mais, é solução muito antiga e não eficiente se comparada com as soluções que temos hoje. Dê uma olhada nesse script a partir do chunck number 6.