Obrigado grande colega Delcio, suas orientações são de grande valia. Observei na internet a função round mas não soube inserir no código.

Segue uma solução para a comunidade, conforme as observações do Delcio.

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soma <- matrix(c(1998.869,2650.337), nrow = 1,ncol = 2)

# formatação (en)
options(OutDec=".")
soma1<-format(round(as.numeric(soma), 2), nsmall=2, big.mark=",")
par(mar=c(4,6,1,1))
barplot(soma, main = "Lucratividade (en)", ylim= c(0, (max(soma[1,1], soma[1,2])) + 1000), xlab = "", ylab = "Lucratividade, R$", names.arg = c("Método T","Método BT"), col=c("red","darkgreen"), beside=TRUE, axes = FALSE,mgp=c(5, 1, 0))
text(1.5,soma[1,1]+500, soma1[1]) # T
text(3.5,soma[1,2]+500 , soma1[2])  # BT
axis(side = 2, at = axTicks(2), labels=format(round(as.numeric(axTicks(2)), 2), nsmall=2, big.mark=","),las=1)

# formatação (pt)
options(OutDec=",")
soma1<-format(round(as.numeric(soma), 2), nsmall=2, big.mark=".")
par(mar=c(4,6,1,1))
barplot(soma, main = "Lucratividade (en)", ylim= c(0, (max(soma[1,1], soma[1,2])) + 1000), xlab = "", ylab = "Lucratividade, R$", names.arg = c("Método T","Método BT"), col=c("red","darkgreen"), beside=TRUE, axes = FALSE,mgp=c(5, 1, 0))
text(1.5,soma[1,1]+500, soma1[1]) # T
text(3.5,soma[1,2]+500 , soma1[2])  # BT
axis(side = 2, at = axTicks(2), labels=format(round(as.numeric(axTicks(2)), 2), nsmall=2, big.mark="."),las=1)

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