Como não tenho experiência efetiva com o teste e pacote que você está aplicando, minha colaboração fica comprometida. Contudo, acredito que a razão para não conseguir fixar os limites é justamente pelo tamanho diferentes dos grupos. Os parâmetros estátísticos se tornem variáveis de acordo com o dia empregado. O nsigma pode ser mudado, mais ainda sim será variável, a não ser que fixe o número de indivíduos no grupo (sizes). Calcular os limites independentemente da rotina do qcc e informá-los no comando  também é possível, mas não me parece correto ou lógico.

Acho que dá pra avançar na questão estudando o help do pacote. Por outro lado, também seria bom avaliar o delineamento adotado.