Alexandre, A matriz de contrastes deve apresentar no máximo k-1 funções lineares independentes. Os contrastes do tipo "contrastes de um nível de referência com cada um dos demais" (no R o de referência é o primeiro, contr.treatment), "contrastes entre níveis em sequência" (que foi o que fiz), "contrastes do tipo soma dos efeitos igual a zero" (contr.sum), todos eles geram combinações lineares com rank k-1. Se eu entendi correto, você quer todas as comparações duas a duas entre os níveis dos fatores e isso supera k-1, isso dá choose(k, 2), esses contrastes são os pairwise ou constrastes de Tukey. Então isso não pode ser feito, esses contrastes não podem ser usados como matriz de contrastes para um fator. Tais comparações múltiplas podem ser feitas depois da estimação dos efeitos com a ghlt() por exemplo. À disposição. Walmes.