1) faça a análise sem o ExpDes com lm() ou aov(), 2) abra a função copie, e carrege com outro nome sem a parte que faz o teste de shapiro.wilk. Não envie os dados, hospede na public do seu dropbox por exemplo e fornece os comando para leitura a partir do link. Você pode sugerir ao dono do pacote para colocar uma proteção de pular o shapiro.wilk quando tiver mais que 5000 dados.

À disposição.
Walmes.