O sucesso desse tipo de procedimento no sentido de tentar automatizar depende do contraste entre áreas de interesse e fundo. Tive umas experiências com medidas de lesão em folhas e tudo mais e daí eu conclui que é mais rápido você editar a foto fora, ou seja, em um aplicativo dedicado à edição de imagens. Lá você faria a passagem de colorido monocromático mais rápido e vendo a qualidade do resultado. Depois você só leria a monocromática dentro do R para fazer a contagem. No caso eu uso o gimp como editor de imagens. Outras opção para tentar quase automatizar é ler a foto como um gráfico e clicar sobre a foto com o locator() ativado, marcando de vermelho pontos já clicados (locator(type="p", col="red", pch=19)), ao clicar em todos no final tem como saber número de cliques.

À disposição.
Walmes.