A função devtools::install_deps() é uma função que verifica se os pacotes do qual o seu depende (descritos no DESCRIPTION) estão instalados e então instala aqueles que não estiverem. Nunca usei com pacotes do Bioconductor, mas pacotes do CRAN, logicamente, que funciona. Pacotes no GitHub também. Eu suponho que ao passar o endereço do repositório do Bioconductor deve funcionar. Veja abaixo um exemplo.

library(devtools)
install_deps(dependencies = TRUE,
             quiet = TRUE,
             upgrade = FALSE,
             repos = "http://cran-r.c3sl.ufpr.br/")

À disposição.

Walmes.