
6 Fev
2013
6 Fev
'13
11:56
Ei FH, desculpe mas sou nova na R-br, oq é CMR? Não entendi muito bem sua sugestão, são 180 linhas na matriz. Na verdade o que me interessa são os sites que se chamam CODE na minha tabela. São 4 CODES e gostaria de que fossem plotados como símbolos. O resultado do str(vare.cca) segue abaixo. Renata > str(vare.cca) List of 12 $ call : language cca(formula = Y ~ Scale + CODE + AWMSI + NumP + dIICM1 + CA, data = dados) $ grand.total: int 14250 $ rowsum : Named num [1:180] 0.01284 0.01221 0.00428 0.00182 0.00295 ... ..- attr(*, "names")= chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... $ colsum : Named num [1:4] 0.0109 0.0147 0.0923 0.8821 ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" $ tot.chi : num 0.0335 $ pCCA : NULL $ CCA :List of 15 ..$ eig : Named num [1:3] 0.014421 0.001308 0.000155 .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ u : num [1:180, 1:3] -0.841 -0.735 0.384 0.311 0.395 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ v : num [1:4, 1:3] -3.6741 -5.2473 2.1821 -0.0953 -3.3397 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ u.eig : num [1:180, 1:3] -0.1009 -0.0883 0.0461 0.0374 0.0474 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ v.eig : num [1:4, 1:3] -0.4412 -0.6301 0.262 -0.0114 -0.1208 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ wa.eig : num [1:180, 1:3] -0.00198 -0.02677 -0.05176 0.25506 0.02216 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ wa : num [1:180, 1:3] -0.0165 -0.2229 -0.4311 2.124 0.1845 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ biplot : num [1:8, 1:3] 2.71e-18 2.64e-01 3.99e-01 5.34e-01 5.38e-01 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" ..$ rank : int 3 ..$ qrank : int 8 ..$ tot.chi : num 0.0159 ..$ QR :List of 4 .. ..$ qr : num [1:180, 1:8] 282.8427 0.1563 0.0925 0.0604 0.0768 ... .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. .. ..$ : chr [1:180] "1" "2" "3" "4" ... .. .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... .. ..$ rank : int 8 .. ..$ qraux: num [1:8] 1.16 1.05 1 1 1.03 ... .. ..$ pivot: int [1:8] 1 2 3 4 5 6 7 8 .. ..- attr(*, "class")= chr "qr" ..$ envcentre: Named num [1:8] 600 0.199 0.067 0.235 2.57 ... .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... ..$ Xbar : num [1:180, 1:4] 0.00599 0.00674 0.00346 -0.00445 0.00673 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" ..$ centroids: num [1:4, 1:3] -0.919 0.609 1.589 0.983 0.34 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:4] "CODECB" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" $ CA :List of 8 ..$ eig : Named num [1:3] 0.011644 0.005342 0.000656 .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" ..$ u : num [1:180, 1:3] 0.997 0.862 -0.981 1.943 0.23 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" ..$ v : num [1:4, 1:3] -3.122 -3.472 2.725 -0.189 6.056 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" ..$ u.eig : num [1:180, 1:3] 0.1075 0.093 -0.1058 0.2096 0.0248 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" ..$ v.eig : num [1:4, 1:3] -0.3369 -0.3747 0.294 -0.0203 0.4426 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" ..$ rank : int 3 ..$ tot.chi: num 0.0176 ..$ Xbar : num [1:180, 1:4] 0.00201 0.00393 0.00269 -0.00524 0.00615 ... .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" $ method : chr "cca" $ inertia : chr "mean squared contingency coefficient" $ terms :Classes 'terms', 'formula' length 3 Y ~ Scale + CODE + AWMSI + NumP + dIICM1 + CA .. ..- attr(*, "variables")= language list(Y, Scale, CODE, AWMSI, NumP, dIICM1, CA) .. ..- attr(*, "factors")= int [1:7, 1:6] 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 ... .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. .. ..$ : chr [1:7] "Y" "Scale" "CODE" "AWMSI" ... .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1 .. ..- attr(*, "intercept")= int 1 .. ..- attr(*, "response")= int 1 .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv> $ terminfo :List of 3 ..$ terms :Classes 'terms', 'formula' length 2 ~Scale + CODE + AWMSI + NumP + dIICM1 + CA .. .. ..- attr(*, "variables")= language list(Scale, CODE, AWMSI, NumP, dIICM1, CA) .. .. ..- attr(*, "factors")= int [1:6, 1:6] 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 ... .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... .. .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... .. .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1 .. .. ..- attr(*, "intercept")= int 1 .. .. ..- attr(*, "response")= num 0 .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv> ..$ xlev :List of 1 .. ..$ CODE: chr [1:4] "CB" "CO" "CP" "FR" ..$ ordered: Named logi [1:6] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE .. ..- attr(*, "names")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... - attr(*, "class")= chr "cca" 2013/2/6 FHRB Toledo <fernandohtoledo@gmail.com> > Veja o resultado de > > > str(vare.cca) > > Provavelmente é uma lista... aí você observa nessa lista, se tem alguma > posicao que se chama sites, dentro dessa posição deve haver uma matriz, > cujos nomes das linhas devem ser esses aí (row1, row2, row3, ...) > > Aí é só você mudar o nome das linhas dessa matriz e boa! > > Reportenos seus resultados! > > Lembrando que esse é apenas um chute, bem alto por sinal, afinal você não > nos forneceu um CMR! > > att, > FH > > 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology@gmail.com> > >> Bom dia, estou tentando fazer um plot de CCA mas não consigo colocar >> símbolos como referência aos sites. O R renomeou cada site para row1, row2, >> row3, Fui orientada a transformar cada site em número para depois atribuir >> os símbolos mas não estou conseguindo. Até agora tenho utilizado estes >> scripts: >> >> as.numeric (dados$CODE) >> >> plot(vare.cca, type="n") >> >> text(vare.cca, dis="cn") >> >> text(vare.cca, display = "sites", col="blue", cex=0.5) # aqui os sites >> aparecem no plot mas com o nome de row1, row2... >> >> Alguém sabe como posso fazer isso? >> >> obrigada >> >> Renata >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >