Existem vários caminhos, mas a maneira mais simples que eu conheço é usando a função raster::bind:
unidos <- bind(shapefile1, shapefile2)
Se precisar *salvar* o shapefile resultante, um camingo pode ser o rgdal:
rgdal::writeOGR(unidos, "~/Desktop/shapefile_unido.shp", "Meu-shapefile", driver="ESRI Shapefile")
Caso suas necessidades sejam mais específicas (por exemplo unir shapefiles que se sobreponham e etc), você poder dar uma olhada na função raster::union
Greetings,
-- Thiago V. dos Santos
Postdoctoral Research Fellow
Department of Climate and Space Science and Engineering
University of Michigan