Uma resposta mais precisa depende do formato original dos teus dados (são CSV, largura fixa, ...). Eu tive sucesso lendo os microdados do ENEM (6gb) com os pacotes sqldf e RSQLite.

Talvez esses links te ajudem:

http://metodologiapolitica.com/639/

http://metodologiapolitica.com/microdados-no-r/ e http://metodologiapolitica.com/microdados-parte-2/

http://stackoverflow.com/questions/18720036/reading-big-data-with-fixed-width

2014-02-07 Jose Claudio Faria <joseclaudio.faria@gmail.com>:

Bem interessante o link:
http://www.revista.espiritolivre.org/a-ambiciosa-linguagem-de-programacao-que-quer-substituir-python-r-e-matlab

Se funcionar bem (como promete) será um sonho!
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Jose Claudio Faria
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