Olá Rafael,
no último post sobre esse tópico disponibilizei funções para download, verificação da consistência temporal dos dados e remoção de dados duplicados. Essas funções foram empacotadas e estão disponíveis no pacote:
https://github.com/jdtatsch/inmetr
Para instalá-lo:
library(devtools)
install_github('jdtatsch/inmetr')
Os dados baixados são sub-diários (0, 12 e 18 UTC) e incluem todas variáveis do BDMEP:
data_description()

   varname                         description  unit
1     date           date and time information     -
2       id                          station ID     -
3     prec                       precipitation    mm
4     tair                     air temperature deg C
5       tw                wet bulb temperature deg C
6     tmax             maximum air temperature deg C
7     tmin             minimum air temperature deg C
8    urmax           maximum relative humidity     %
9     patm                atmospheric pressure   hPa
10    pnmm mean sea level atmospheric pressure   hPa
11      wd                      wind direction   deg
12   wsmax                           wind gust   m/s
13       n                      sunshine hours     h
14      cc                         cloud cover     -
15    evap                         evaporation    mm
16      ur                   relative humidity     %
17      ws                          wind speed   m/s

Para baixar vários arquivos é possível fazer um looping variando o id da estação, baixar os dados da estação e salvá-lo em um csv.

library(inmetr)
info <- bdmep_stations()

# looping para 2 estações
lapply(info$id[1:2],
       function(i){
         # i = 82294
        Sys.sleep(sample(5:15, 1))
         x <- import_bdmep(id = i,
                            sdate = "01/01/1961", 
                            edate = "29/08/2016", 
                            email = "your-email",
                            passwd = "your-password")
         write.csv(x, file = paste0(i, ".csv"))
       })

Se for baixar muitos dados, recomendo fazer a noite quando o site é menos acessado.
Att.


On Mon, Aug 29, 2016 at 12:29 PM, Rafael Tieppo via R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Algum tempo atrás o Alisson Lucrecio e o Éder Comunello estavam trabalhando em um tópico sobre obtenção de dados do INMET. 
Como precisei obter alguns dados hoje, resolvi testar o código, que por sinal funcionou perfeitamente.
Como os dados são salvos em formato ```.html```, tentei montar um script organizar os dados em um ```data.frame```, assim como deixar apenas uma linha para cada dia de coletado, pois os dados do originais do INMET tem formato de duas linhas para cada dia de coleta.

Segue o script com os comentários:
obs: a função que ordena os dias é não tem uma boa performance, pois faz um bom tempo que fiz ela. 



#=================================================================
#                          Rafael Tieppo
#                          rafaelt@unemat.br
#                          http://docente.unemat.br/rafaeltieppo/
#                          29-08-2016
#=================================================================


##### Goal 1  
### Script to sign in - INMET
### Historical Data
### Original Source:
##### Goal 2
### Ordering and filtering DATA from INMET
### use oneline() function from



#************************************************************
#************************************************************
                                        # GOAL 1
#************************************************************
#************************************************************


#------------------------------------------------------------
### Packages
library(RCurl)
library(bitops)
#------------------------------------------------------------


#------------------------------------------------------------
### Logging INMET

### Login link
### Data link
#------------------------------------------------------------


#------------------------------------------------------------
### Access Data

myParams=list(
  mCod="EMAIL", ### alterar!
  mSenha="PASSWORD", ### alterar!
  btnProcesso = " Acessar ")
#------------------------------------------------------------


#------------------------------------------------------------
### Getting Data

myCurl <- getCurlHandle()
curlSetOpt(cookiejar="cookies.txt", useragent="Chrome/10.0.648.133" , followlocation=TRUE, curl=myCurl)
###"Mozilla/5.0"

login <- postForm(myURL1, .params=myParams, curl=myCurl)

DATA <- getURLContent(myURL2, curl=myCurl)
#------------------------------------------------------------



#************************************************************
#************************************************************
                                        # GOAL 2
#************************************************************
#************************************************************

#------------------------------------------------------------
### Tiding Data

### Using shell script to separate DATA from text
#### grep "^83309" < ESTACAO_83309.html > ESTACAO_83303_DATA.csv
### Shell script, get all lines that starts with "83309" (station number)

SHELL_FUN = paste("grep", "^83309", "<", "ESTACAO_83309.html",
                  ">", "ESTACAO_83303_DATA.csv",
                  sep = ' ')
### 
system(SHELL_FUN)

DATA_83303 <- read.csv("ESTACAO_83303_DATA.csv", sep = ";", dec = ".")

colnames(DATA_83303) <-  c("Estacao", "Data", "Hora", "Precipitacao",
                           "TempMaxima", "TempMinima", "Insolacao",
                           "Evaporacao_Piche", "Temp_Comp_Media",
                           "UR_Media", "Vel_Vent_Media")

names(DATA_83303)
#------------------------------------------------------------


#------------------------------------------------------------
### Organizing DATA
### Data from INMET has two lines for each
### To put one line for each day, use oneline() function 
### Calling ONE_LINE function

### ATTENTION
### To use oneline() is mandatory a data.frame with a specific cols data
### order, as follow (names doen not matter, only sequence):

### Estacao; Data; Hora; Precipitacao; TempMaxima; TempMinima;
### Insolacao; Umidade Relativa Media; Velocidade do Vento Media; 

DATA_83303 <- DATA_83303[c(1:7,10:11)]

Estacao;Data;Hora;Precipitacao;TempMaxima;TempMinima;Insolacao;Evaporacao
Piche;Temp Comp Media;Umidade Relativa Media;Velocidade do Vento Media; 

### Ordering with oneline() function

DATA_83303_one_line <- one_line(DATA_83303)

edit(DATA_83303_one_line)

#------------------------------------------------------------











 
Rafael Tieppo
State University of Mato Grosso -
Department of Agricultural Engineering
site: http://docente.unemat.br/rafaeltieppo/ blog
https://fuidebicicleta.wordpress.com
"Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". 



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##  Jônatan Dupont Tatsch
##  Professor do Departamento de Física
##  Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE)
##  Universidade Federal de Santa Maria - UFSM
##  Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil - 97105-900
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