Jônatan,

a função rasterToshapefile é interessante, mas não atribuí o índices i e j ao shapefile criado.

       Encontrei outra solução no script abaixo e espero auxilar outras pessoas.

       Apenas uma ressalva, ao final gero um shapefile de pontos, com os atributos i, j e o valor da célula, mas depois associo ao shapefile de polígonos no Quantum GIS através da função Join de Tabelas.

        Outra solução possível é juntar a sua solução de rasterToPolygon e depois realizar o Join de tabela com os shapefiles de pontos.

        Realmente seria interessante que a função rasterToPolygon levasse as informações de linha e coluna para o shapefile criado.

Mais uma vez obrigado Jôntan e Elias, vocês me orientaram bastante na solução deste problema. 

require(raster)

require(rgdal)

require(shapefiles)

require(maptools)

### ENTRADA DE DADOS ###

## criando um raster 

r <- raster(ncol=319,nrow=319)

atribuindo valores

r[] <- (1:ncell(r))

## linha, coluna, celula, valor

cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r))

matriz<-cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r))

matriz

dim(matriz)

tail(matriz)

summary (matriz)

names(matriz)  # a matriz não possui nome de campos

# Data Frame possui nome dos atributos

class(matriz)

require(sp)

     pontos<-data.frame(matriz)

     head(pontos)

     class(pontos)

     dim(pontos)

     names(pontos)

     coordinates(pontos) <- c("row","col") # c("Norte_Sul","Leste_Oeste")

     class(pontos)

     dim(pontos)

     getSlots("SpatialPointsDataFrame")

     slot(pontos, "bbox")

   

require(maptools)

writePointsShape(pontos,"matriz319pt", factor2char = TRUE, max_nchar=254) 

readShapePoints("matriz319pt", proj4string = CRS(as.character(NA)),verbose =

FALSE,repair=FALSE)

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