você pode colocar NA nos pontos que estão interligados

suponha o seguinte: duas áreas limitadas por quadrados

a=c(1,1,3,3,1,4,4,5,5,4)
b=c(2,4,4,2,2,6,7,7,6,6)
f=matrix(c(a,b),ncol=2)
plot(f,type='l')

# caso vc queira  remover a linha basta adicionar um NA

a=c(a[1:5],NA,a[6:10])
 b=c(b[1:5],NA,b[6:10])
 f=data.frame(a,b)
plot(f,type='l')

Seria isso?