Olá pessoal, Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "SEI.GE"), mas o meu problema ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard deviation/intervalo de confiança. Como é que os colegas que trabalham com melhoramento apresentam as suas estimativas de herdabilidade? Meus orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no ASREML para outro design experimental (factorial mating design), mas eu não tenho licença para esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano que vem. Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas estatísticas no R? Abraços, Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein@cirad.fr / skype: paulo_hein ------------------------------ *De:* paulo_hein <paulo_hein@yahoo.com.br> *Para:* R_STAT@yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47 *Assunto:* [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste Prezado Fábio, obrigado pela sugestão. Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das variâncias, não é? O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site e erro. Aqui vai um exmplo: 2581 > Resume1 2582 [[1]] 2583 Linear mixed-effects model fit by REML 2584 Data: Data 2585 Log-restricted-likelihood: -521.7632 2586 Fixed: Y ~ 1 + Site 2587 (Intercept) Site302 Site303 2588 60.79 -3.38 6.52 2590 Random effects: 2591 Formula: ~1 | Clone 2592 (Intercept) 2593 StdDev: *2.348988* 2595 Formula: ~1 | Site %in% Clone 2596 (Intercept) Residual 2597 StdDev: *5.427933* *7.052537* 2599 Number of Observations: 150 2600 Number of Groups: 2601 Clone Site %in% Clone 2602 10 30 Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]] como: H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2) O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais revistas da área. Algo do tipo: H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE) Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero fazer isso no R. Abraços, Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein
------------------------------ *De:* paulo_hein paulo_hein@... *Para:* R_STAT@yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20 *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas
de
herdabilidade em um teste
Olá, Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de madeira. Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade de algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone é representado por 5 individuos, totalizando uma amostragem de 150 árvores (10 clones x 5 repetições x 3 sites).
A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados por espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem interação). Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos seguintes scripts:
Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T) Data$Site <- as.factor(Data$Site) Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)
## Estimating variance components Resume <- NULL Resume1 <- NULL for (i in 4:124){ Y <- Data[,i] lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML") lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML") Resume <- c(Resume,list(lme)) Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))} Resume Resume1
## For calculating BIC Selection <- NULL Selection1 <- NULL for (i in 4:124){ Y <- Data[,i] lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML") lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML") Selection <- c(Selection,list(lme)) Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}
## To display BIC results Resultat <- NULL for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]] lme1 <- Selection1[[i]] Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))} Resultat
e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:
H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 + sdev(Error)^2]
A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
Atenciosamente,
Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein
__._,_.___ <ivanalaman@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>| através de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>| Responder através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJycDAydGVhBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawNycGx5BHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-?act=reply&messageNum=15868>| Adicionar um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZGxhb2hzBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNudHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-> Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15816;_ylc=X3oDMTM3ajNyaGtkBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawN2dHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDMEdHBjSWQDMTU4MTY->( 5) Atividade nos últimos dias: - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnZ3A1MjJ1BF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2bWJycwRzdGltZQMxMzAwMjA5MDQz?o=6> 9 Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZGEzb2RnBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2Z2hwBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-> Você pode ser quem está faltando para alguém.<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15ma38fhn/M=758712.14532720.14422460.12960164/D=brclubs/S=2137111605:MKP1/Y=BR/EXP=1300216243/L=2906f3f2-4f27-11e0-b260-f7d98fbc4947/B=f9YZHtj8fXA-/J=1300209043184208/K=pYIjgOSFvAYXGxXsECIIeg/A=6351150/R=0/id=mkp1/SIG=135ssl89g/*http://tracking.parperfeito.com.br/ppbanner/bannerTracker?originId=1&identifierId=461808&actionId=1> [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbTY0dXIzBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNnZnAEc3RpbWUDMTMwMDIwOTA0Mw--> Trocar para: Só Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional>, Resenha Diária<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha>• Sair do grupo <R_STAT-unsubscribe@yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo> • Termos de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> . __,_._,___