Aí depende de como você está fazendo inferência. Basicamente tem-se:
* assintótica: assume que estimadores têm distribuição, regiões de confiança são hiper elipses;
* baseada em verossimilhança: para construir regiões de confiança querer cálculo da log-verossimilhça, encontrar raízes, etc.
* bayesiana: inferência baseada nas posteriores, pode-se fazer contornos de confiança via pacote KernSmooth.

À disposição.
Walmes.