Usando o DOS sinceramente eu não sei. Usando Shell linux eu tenho alguns scripts que recebem argumentos na linha de comando. Alguns exemplos:

http://stackoverflow.com/questions/2151212/how-can-i-read-command-line-parameters-from-an-r-script
http://stackoverflow.com/questions/14167178/passing-command-line-arguments-to-r-cmd-batch
http://stackoverflow.com/questions/26691764/r-rscript-vector-as-argument
https://linuxconfig.org/how-to-access-a-command-line-arguments-using-rscript-gnu-r
http://www.milanor.net/blog/bashr-howto-pass-parameters-from-bash-script-to-r/

À disposição.

Walmes.