Thales, bom dia!
A explicação está um pouco confusa, mas deduzo que você queira aplicar a função e relativizá-la pelo somatório do grupo dado por 'seq'.
Na sua funcao.x vejo alguns problemas, como uso da notação reservada 'T' para uma variável e o fato da somatória ser a própria variável calculada.
Tentei uma solução mais simplista, baseado no que deduzi. Espero que o trecho de código que segue possa ajudar.
### <code r>
seq <- rep(c("a","b","c"), c(6,5,13))
var1 <- c(1,2,3,4,5,6,0,1,2,3,4,0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12)
d <- 1
TT <- 3 # Não use 'T' como nome de var, pois é reservado pra TRUE!
ind <- exp ( ( -var1 ) / ( d * TT ) ); ind
net <- sapply(seq(var1), function(x) sum(ind[which(seq==seq[x])])); net ### soma condicionada
res <- 100*(ind/net); res
df.x <- data.frame(seq, var1, ind, net, res); df.x ### data.frame != matrix
### </code>
Se a ideia for realmente essa, dá pra melhorar o código e mesmo partir pra soluções com a família plyr.