Ana,
Nos casos como o seu o "costume" é se fazer o biplot, ou representação similar, para as duas componentes com maiores autovalores, que "explicam" mais a variabilidade dos seus dados.
Caso a terceira componente acabe tendo importância na explicação do domínio do problema você pode adicionalmente fazer um ou mais (no seu caso máx. de dois!) plots para ver essas variabilidades nos outros planos.
Por último, dependendo do pacote que você usa para fazer ACP, há opções de gerar um gráfico 3D para três dimensões.
HTH
--
Cesar Rabak