mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS b 2012/8/13 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>:
Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
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On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > > Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux > fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena > funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro: > > error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled > > Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, > atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou > poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? > > Obrigado, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael > <[hidden email]> escreveu: > > > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais > > coisas > > na net. > > > > Obrigado, > > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > > > > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] > > <[hidden email]> escreveu: > > >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o > >> .Call > >> > >> Sent from a mobile device > >> > >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > >>> > >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é > >>> possível > >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu > >>> tenha > >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. > >>> Eu > >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. > >>> Eu > >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de > >>> orientação à > >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo > >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a > >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar > >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o > >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar > >>> um > >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com > >>> uma > >>> função bem simplória só para entender por alto como funciona? > >>> > >>> Obrigado, > >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> > >>> > >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> <[hidden email]> escreveu: > >>> > >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e > >>> > os > >>> > documentos de ajuda associados. b > >>> > > >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>> > > >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? > >>> >> Utilizei > >>> >> as > >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca > >>> >> tentei > >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando > >>> >> funções > >>> >> escritas em C++ também é tranquila? > >>> >> > >>> >> > >>> >> Obrigado, > >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >> > >>> >> > >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael > >>> >> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado > >>> >>> pelas > >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na > >>> >>> web > >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que > >>> >>> esse é > >>> >>> o > >>> >>> pacote livre mais completo. > >>> >>> [ ], > >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>> > >>> >>> > >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> >>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote > >>> >>>> RcppArmadillo. > >>> >>>> b > >>> >>>> > >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>> >>>> > >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu > >>> >>>>> gostei > >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". > >>> >>>>> Muito > >>> >>>>> mais > >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O > >>> >>>>> problema > >>> >>>>> que > >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma > >>> >>>>> estrutura > >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando > >>> >>>>> quase > >>> >>>>> nada > >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho > >>> >>>>> interessante > >>> >>>>> a > >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação > >>> >>>>> dinâmica > >>> >>>>> utilizando C++. > >>> >>>>> [ ], > >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>> > >>> >>>>> > >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>>>> Pedro, > >>> >>>>>> > >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o > >>> >>>>>> adjetivo> > >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer > >>> >>>>>> linguagem > >>> >>>>>> que > >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito > >>> >>>>>> isso, > >>> >>>>>> nao > >>> >>>>>> vejo > >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum > >>> >>>>>> especialista > >>> >>>>>> em > >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de > >>> >>>>>> contra-exemplo; > >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros > >>> >>>>>> problemas. > >>> >>>>>> > >>> >>>>>> b > >>> >>>>>> > >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: > >>> >>>>>> > >>> >>>>>>> Pedro > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas > >>> >>>>>>> contas > >>> >>>>>>> podem > >>> >>>>>>> ser > >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> X'V^{-1}X > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V > >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que > >>> >>>>>>> já > >>> >>>>>>> deve > >>> >>>>>>> ter > >>> >>>>>>> sido > >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> No exemplo > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> cV <- chol(V) > >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) > >>> >>>>>>> do que > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de > >>> >>>>>>>> matrizes é > >>> >>>>>>>> fato > >>> >>>>>>>> mas > >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com > >>> >>>>>>>> modelos > >>> >>>>>>>> de > >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de > >>> >>>>>>>> inversas de > >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal > >>> >>>>>>>> estimador. > >>> >>>>>>>> [ ], > >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>>>>> > >>> >>>>>>>> > >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael > >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo > >>> >>>>>>>>> computacional > >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei > >>> >>>>>>>>> muito > >>> >>>>>>>>> pouco > >>> >>>>>>>>> em > >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ > >>> >>>>>>>>> perdem > >>> >>>>>>>>> muito > >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a > >>> >>>>>>>>> programação > >>> >>>>>>>>> em > >>> >>>>>>>>> ambas > >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas > >>> >>>>>>>>> experiências > >>> >>>>>>>>> na > >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso > >>> >>>>>>>>> em > >>> >>>>>>>>> simulações? > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, > >>> >>>>>>>>> muito > >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para > >>> >>>>>>>>> álgebra > >>> >>>>>>>>> linear > >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> [ ], > >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, > >>> >>>>>>>>>> entao > >>> >>>>>>>>>> vc > >>> >>>>>>>>>> esta' > >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a > >>> >>>>>>>>>> oferecer. > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> b > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre > >>> >>>>>>>>>>> de > >>> >>>>>>>>>>> C > >>> >>>>>>>>>>> para > >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e > >>> >>>>>>>>>>> produtos de > >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. > >>> >>>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list > >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] > >>> >>>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>> >>>>>>>>>>> e > >>> >>>>>>>>>>> forneça > >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list > >>> >>>>>>>>>> [hidden email] > >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>> >>>>>>>>>> e > >>> >>>>>>>>>> forneça > >>> >>>>>>>>>> código > >>> >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> 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