Acredito que o JAGS também seja tão eficiente quanto o stan, até porque ele é atual também. Ele rodou super rápido. Agora a luta aqui é a convergência dos parâmetros. rs Em 8 de novembro de 2014 16:32, Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br> escreveu:
Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.
2014-11-08 16:31 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br>:
Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.
2014-11-08 16:12 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663488h64@n4.nabble.com>:
Oi Alisson, fui experimentar o JAGS, conhece? Com os mesmos códigos de
antes rodou normalmente o programa. Não sabia que o rbug era problemático, fiquei horas quebrando a cabeça para solucionar e nada.
Aparentemente está tudo ok!
O rstan não rodou de jeito nenhum aqui. Chegou a carregar o pacote pelo comando que me passou, mas na hora de rodar aquele exemplo começou a apresentar erro de funções não encontradas. Não sei se o problema foi no meu pc.
Valeu pela ajuda
Em 8 de novembro de 2014 15:54, Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=0>> escreveu:
Victor,
Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar?
Att.
2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=1>>:
Victor,
Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar? Att.
2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=2>>:
Não rodou aqui. =/
O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu outro
Error in handleRes(res) : NA
Só que não tem NA na minha base de dados
2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0>>:
> Caro Victor, > > Se der certo teste esse exemplo. > > library(rstan) > > treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") > repetition_number <- 20 > response_mean <- c(100, 94, 88, 82) > > treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, > labels = treatment_level) > str_error <- 2 > > response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ > response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) > }) > > response <- c(response_temp) > > plot(response ~ treatment) > > summary(lm(response ~ treatment -1)) > > mean(response) > sd(response) > > stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), > Treatment=as.numeric(treatment), Response = response) > > # Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment > > stan_modelcode <- " > data { // data setup > int<lower=0> N; // sample size > int<lower=1> I; // number of treatments > real Response[N]; // Response > int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment > } > > parameters { > real mu[I]; > real<lower=0, upper=100> sigma[I]; > } > > model { > //Priors > mu ~ normal(0, 100); > sigma ~ uniform(0, 100); > //Likelihood > for(i in 1:N) { > Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); > } > } > " > > fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = > 1000, chains = 3, > verbose = TRUE) > > plot(fit) > > 2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] > <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1>>: > > Use esse código. >> >> Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") >> source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, >> max.deparse.length = 2000) >> install_rstan() >> >> 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2>>: >> >> Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo >>> quando pelo código install.packages >>> >>> >>> Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque >>> aparentemente está tudo ok com ele. >>> >>> Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] >>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu: >>> >>>> Victor, >>>> >>>> Boa tarde. >>>> >>>> Use o pacote rstan. >>>> >>>> Att. >>>> >>>> >>>> 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden >>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>: >>>> >>>> Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na >>>>> hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo >>>>> >>>>> >>>>> Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : >>>>> model must be initialized before monitors used >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é >>>>> configuração e código do meu modelo e nada até agora >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> Atenciosamente, >>>>> >>>>> >>>>> Victor Eduardo >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> ------------------------------ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion below: >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >>>>> >>>> >>>> >>>> >>>> -- >>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=2> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>> >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> forneça código mínimo reproduzível. >>> >>> ------------------------------ >>> If you reply to this email, your message will be added to the >>> discussion below: >>> >>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... >>> To unsubscribe from R-br, click here. >>> NAML >>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >>> >> >> >> >> -- >> Alisson Lucrecio da Costa >> > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=3> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. >
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