Abaixo segue CRM que executei para tal análise:
comp<-read.table('NMDS_GF.txt',h=T)
> attach(comp)
> plant<-comp[,5:6]
> metric<-comp[,2:4]
result<-metaMDS(plant,distance='bray',k=2,autotransform=F)
Run 0 stress 0.08274154
Run 1 stress 0.08273573
... New best solution
... procrustes: rmse 0.0003581494 max resid 0.001666632
*** Solution reached
> scor2dim<-scores(result)
> #PORCENTAGEM DA VARIÂNCIA CAPTADA PELA NMDS
> dist.final<-vegdist(scor2dim,'euclid')
> summary(lm(vegdist(plant,'bray')~dist.final))
Call:
lm(formula = vegdist(plant, "bray") ~ dist.final)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-0.092385 -0.014669 0.000651 0.017290 0.144478
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.006296 0.002274 2.768 0.00578 **
dist.final 0.496852 0.003991 124.496 < 2e-16 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 0.02822 on 701 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.9567, Adjusted R-squared: 0.9567
F-statistic: 1.55e+04 on 1 and 701 DF, p-value: < 2.2e-16
Obrigado pela disposição.
Att,
Cézar Fonseca Borges
Mestrando em Ciências Ambientais
UFPA/MPEG/EMBRAPA -
Amazônia Oriental
Geógrafo
Email: cezar-fonseca@hotmail.com/ caborges@museu-goeldi.br
Lattes: http://lattes.cnpq.br/9805721240137485
Date: Tue, 2 Jul 2013 17:19:03 -0300
From: walmeszeviani@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] NMDS
Como não sou da área ficou comprometida a minha intenção em colaborar com você pelo vocabulário. Não sei o que NMDS. Talvez seja o caso de muitos da lista. Tente usar um vocabulário mais acessível e também fornecer um CMR como ponto de partida.
À disposição.
Walmes.
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