Com os recursos computacionais de hoje, desbalanceamento não é problema. Opções no R existem, resta você aprender usar (corretamente). Você pode ajustar uma lm() declarando o erro A como termo fixo do modelo apenas para ter os quadrados médios, o teste F tem que ser feito na mão depois (pouco atrativo). Você pode ajustar com nlme::lme() declarando apropriadamente os efeitos aleatórios de bloco e parcela, ou apenas parcela. As comparações podem ser feitas com multcomp::glht(). Cuidado extra quando houver interação presente. Com doBy::popMatrix() você pode construir as matrizes de contraste para desdobramento da interação semelhante ao CMR que compartilhei com o Ivan algumas mensagens atrás.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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