Kolmogorov - Smirnov test no R, 

Pessoal, quero verificar se um conjunto de dados tem distribuição uniforme (0,1). Daí através da função ks.test, uso, por exemplo, o comando  ks.test(x, "punif").
  Para um conjutno de dados que possuo esse comando apresenta valor abaixo de 0.5 o que significa que meus dados não possuem a distribuição uniforme. Só que essa mesma função pode ser utilizada para comparar se duas amostras possuem a mesma distribuição, por exemplo ks.test(x, y), daí criei uma variável y, através de um runif (uma uniforme randomica) e testei com a X e resultado foi aceito (acima de 0.20, no meu caso). Como isso é possível???? seria x então uniforme ou não, como é possível quando utilizado "punif" dar que não oe quando comparado a uma variável uniforme criada aleatorimente por mim acusar ter a mesma distribuição??
Desde já agradeço e peço desculpas pela "trivialidade" da pergunta.