Obrigado Walmes, mas os contrastes não pareceram ficar muito corretos, sendo meu CRM corrigido:

##-----------------------------------------------------------------------------

require(multcomp)
require(doBy)
require(latticeExtra)
require(wzRfun)

##-----------------------------------------------------------------------------

d <- data.frame(a=factor(sample(c(paste("Tratamento_",letters,sep="")), 1000, rep=TRUE)))

xtabs(~a, d)

d$y <- rpois(nrow(d), lambda=10)

##Niveis
levels(d$a)

## O padrão de funcionamento faz assim, o primeiro fator troca níveis
## dentro do segundo que troca níveis dentro do terceiro, etc, veja.
do.call(rbind, strsplit(levels(d$a), "\\."))

## Sabendo disso você pode passar da a, b e c na forma que lhe for mais
## conveniente. Por outro lado, é desperdício de tempo operar assim
## porque eu considero mais fácil declarar o modelo fatorial, usar a
## LSmatrix para gerar a matriz de contraste e usá-la.

g0 <- glm(y~a, family="poisson", data=d)
g1 <- glm(y~0+d$a, family="poisson", data=d)

M <- LSmatrix(g0, effect=c("a"))
M

## As estimativas das médias (na escala do preditor linear).
data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1))

## Combinações de níveis correspondentes as médias.
str(M)
grid <- attr(M, "grid")

## Matriz de contrastes entre níveis de `focus` dentro dos níveis de
## `split`.
trat <- "a"
spl <- interaction(grid[,trat])
i <- 1:nrow(grid)
l <- split(i, f=spl)
contr <- lapply(l,
                function(row){
                    ## Matriz de contrastes par a par.
                    a <- apc(M[,i], lev=levels(d[trat,]))
                    ## Prefixo no nome das linhas.
                    rownames(a) <- paste(spl[row[1]],
                                         rownames(a), sep="/")
                    return(a)
                })
contr <- do.call(rbind, contr)
contr
## Constrastes.
summary(glht(g0, linfct=contr),
        test=adjusted(type="fdr"))

On 12/02/2015 13:00, walmes . wrote:

Alexandre,

No seu CMR tem-se um fator apenas. Você não precisa de "a" e "a.int", eles são iguais. Será que não é a versão da apc que você tem? Ela tem sido aprimorada, está no meu pacote wzRfun, disponível do www.github.com/walmes/wzRfun. A mais recente tá assim:

## wzRfun::apc
apc <- function (lfm, lev = NULL)
{
    nlev <- nrow(lfm)
    rn <- rownames(lfm)
    a <- attr(lfm, "grid")
    if (is.null(lev)) {
        if (!is.null(a)) {
            lev <- apply(a, 1, paste, collapse = ":")
        }
        else if (!is.null(rn)) {
            lev <- rn
        }
        else {
            lev <- as.character(1:nlev)
        }
    }
    cbn <- combn(seq_along(lev), 2)
    M <- lfm[cbn[1, ], ] - lfm[cbn[2, ], ]
    if (is.vector(M))
        dim(M) <- c(1, length(M))
    rownames(M) <- paste(lev[cbn[1, ]], lev[cbn[2, ]], sep = "-")
    return(M)
}

À disposição.

Walmes.
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