Daniela,
Ao que parece é algo simples mesmo. Escreva os seus dados no formato longo, duas colunas (água, sementes), coloque num data.frame, delcare que os níveis de água são qualitativos (factor()) (caso queira ajustar um modelo de regressão, que por sinal é mais informativo no geral, use água como numérica), use a função lm()
m0 <- lm(sementes~agua, data=dados)
depois aplique contrastes (contrast::contrast(), gmodels::fit.contrast()) ou comparações múltiplas (stats::TukeyHSD(), agricole::HSD.test(), ScottKnott::SK(), ...). Caso o número de sementes inicial colocadas para germinar for conhecido, pode-se atribuir a distribuição binomial para a resposta "número de sementes germinadas para um número de submetidas a germinação". Então, use a função glm(..., family=binomial).
Exemplos desse tipo de análise você encontra na página do Professor Paulo Justiniano (http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/).
À disposição.
Walmes.
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Walmes Marques Zeviani
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