Caso você queira conferir tente usar a função do pacote EXPDES.pt::dic(trata,respo,quali=c(TRUE),mcomp="sk").
 
Tente executar seu comando da seguinte forma:
 
 sk1<-with(dad,SK(y=respo, model="respo~trata",which="trata"))
 
Att.
 
Tiago.

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Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES
 
Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
 
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Date: Mon, 2 Dec 2013 17:39:25 -0800
From: andreolsouza@yahoo.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] ScottKnott

Pessoal depois de pesquisar na grupo e no manual da função ainda não resolvi o que quero. Estou com esta estrutura. 



> setwd("/media/Meus arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/apostilaR2")
> require(gdata)
> dad<-read.xls("dic.xls")
> str(dad)
'data.frame': 12 obs. of  3 variables:
 $ trata: Factor w/ 4 levels "A","B","C","D": 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ...
 $ rep  : int  1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 ...
 $ respo: int  6 14 4 9 10 8 73 22 10 1 ...
> attach(dad)
> dad
   trata rep respo
1      A   1     6
2      A   2    14
3      A   3     4
4      B   1     9
5      B   2    10
6      B   3     8
7      C   1    73
8      C   2    22
9      C   3    10
10     D   1     1
11     D   2    10
12     D   3     4
> library(doBy)
> summaryBy(respo~trata,dad,FUN=c(mean,sd))
  trata respo.mean  respo.sd
1     A          8  5.291503
2     B          9  1.000000
3     C         35 33.451457
4     D          5  4.582576
> require(ScottKnott)
> sk1<-SK(dad,y=respo,model="respo~trata",which="trata")
> summary(sk1)
 Levels Means SK(5%)
      C    35      a
      B     9      a
      A     8      a
      D     5      a
> plot(sk1, title = "Treatamentos", col = rainbow(3))

média iguais ? 

 Minha pergunta é o que fiz de errado? Declarei o modelo errado?  
o correto seria sk1<-SK(x=dad,y=respo,model="respo~trata",which="trata")? Não mudou nada na resposta 
summary(sk1)
 Levels Means SK(5%)
      C    35      a
      B     9      a
      A     8      a
      D     5      a

obrigado



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