Prezados, após conseguir criar os NAs nos espaços em branco (mais uma vez, obrigada Benilton), verifiquei que a variável sexo apresenta 156.460 homens e 145.716 mulheres e 1 NA.
Tentei usar 
sexonulo=subset(sih,sih$sexo=="NA")
Mas retornou:
sexonulo
 [1] seq        esp        aih        carater    compet     cnes      
 [7] munhosp    dataint    datasaida  procedim   modalid    motivsaida
[13] diagprinc  diagsec    diagobito  nome       datanas    sexo      
[19] mae        logradouro bairro     munpac     uf         cep       
[25] idade      prontuario enfermaria into      
<0 linhas> (ou row.names de comprimento 0)
Alguém poderia me ajudar?