Leonard mais uma vez agradeço a grande ajuda
humberto

Em 10/25/2012 10:42 PM, Leonard de Assis escreveu:
Só corrigindo

comando forestplot não existe, eu só peguei esta função (nomeada pelo rapaz que postou a dica) e colei.

O correto seria falar que utiliza ggplot para desenhar o gráfico.

A sorte do Humberto é que como eu estou estudando a fundo ggplot, assinei a lista deles para aprender um pouco e coincidentemente houve este exemplo e eu o tinha implementado em meus arquivos, pois atende a um objetivo que tenho no momento.

[]s
Leonard de Assis
assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com
Em 25/10/2012 22:16, Humberto escreveu:
Olá Andre

foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e outra uma correção do código que coloquei, segue as duas.
Um abraço
Humberto

1- Codigo corrigido
par(mar=c(2, 8, 0, 0))
y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1)
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd =  1.5)
axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis = 1.2,mgp = c(2,.7,0))
axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
segments(1,1,1,30,lty=1)

2-Forestplot

# d is a data frame with 4 columns
# d$x gives variable names
# d$y gives center point
# d$ylo gives lower limits
# d$yhi gives upper limits
forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){
  require(ggplot2)
  p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) +
    geom_pointrange() +
    coord_flip() +
    geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
    ylab(xlab) +
    xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above
  return(p)
}

# Create some dummy data.
d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]),
                y = rnorm(10, .05, 0.1))
d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)

my_theme <-
  theme(
    legend.position = "bottom",
    plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
    panel.background =
      element_rect(fill = "white"),
    panel.border =
      element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"),
    panel.grid.major =
      element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),
    panel.grid.minor =
      element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")
  )

forestplot(d) + my_theme














Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:
E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para resolver seu problema? Porque, acabou que alguns colegas te ajudaram aqui, ficando um pouco espalhado as informações, então, copia e cola aqui o resultado final da rotina!

Att.
André
 
Em 25/10/2012 17:28, Humberto < hghazin@hotmail.com > escreveu:
Obrigado Heloisa Problema resolvido

abr

Humberto

Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
Desculpe...
É no próprio plot.

plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, 
     xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')

Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin@hotmail.com> escreveu:
Leonard,

Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!

Abr

Humberto


Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:

my_theme <-
  theme(
    legend.position = "bottom",
    plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
    panel.background =
      element_rect(fill = "white"),
    panel.border =
      element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"),
    panel.grid.major =
      element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),
    panel.grid.minor =
      element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")
  )

forestplot(d) + my_theme

este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos

quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'


[]s
Leonard de Assis
assis  leonard  gmail  com
Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard

Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!

Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?

E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda

tableMat1a é a tabela abaixo

                   Specie    lci     or   uci
1             Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176
2          Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172
3                Albacore 0.0913 0.1562 0.267
4               Swordfish 0.1311 0.1565 0.187
5                Sailfish 0.0368 0.0923 0.231
6            White marlim 0.1300 0.2161 0.359
7             Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293
8              Blue shark 0.1303 0.1653 0.210
9         Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286
10       Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392
11           Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134
12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866


par(mar=c(2, 8, 0, 0))
y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,
     xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd =  1.5)
axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T,
     cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0))
axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
segments(1,1,1,30,lty=1)









Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,

vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.

# d is a data frame with 4 columns
# d$x gives variable names
# d$y gives center point
# d$ylo gives lower limits
# d$yhi gives upper limits
forestplot   require(ggplot2)
  p     geom_pointrange() +
    coord_flip() +
    geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
    ylab(xlab) +
    xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above
  return(p)
}

# Create some dummy data.
d                 y = rnorm(10, .05, 0.1))
d
forestplot(d)

[]s
Leonard de Assis
assis  leonard  gmail  com
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto!
 
Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!

library(fields)
plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="")
x y u v
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg"))
abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2)
arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2)
arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)

text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))

text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))

Att.
André Barbosa Ventura da Silva
 
 
Em 24/10/2012 20:38, Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br > escreveu:
Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também.
 
 
(S,f,P)
Allaman
 
 
\begin{signature}
<<>>=
Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman
Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas
Ilhéus/BA - Brasil
@
\end{signature}
 


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