Eu sugiro usar o R em 64 bits... se as restricoes te levarem ao Linux, a responsabilidade nao e' minha. :-) Se vc tem observado que, de fato, ao usar uma escala menor, tudo funciona como esperado... entao ha' mesmo a possibilidade de ser problemas com a memoria. Se usar o R em 64 bits nao for uma opcao no momento, talvez valha a pena salvar os resultados em disco toda vez que algo for computado e nao retornar nenhum valor via parCapply... Dai', no fim, vc deve ter algo como 4000 arquivos em disco... e vc usa algum loop para carrega-los como necessario... Talvez seja uma alternativa??? b 2012/4/20 Vanessa Leotti Torman <vleotti@yahoo.com.br>:
Oi Benilton,
Realmente às vezes o Windows mostra o R como "não respondendo" e tudo está funcionando, mas não é o caso aqui. O R aparece como respondendo mas de repente aparece a mensagem de que o "front end" parou de funcionar. Quando a questão da RAM, eu tenho 8 GB. Para uma simulação parecida que fiz foi suficiente, mas essa é ainda maior. Vou fazer um teste guardando menos objetos, obrigada pela sugestão. O Windows é 64, mas o R estou usando o 32, pq o OpenBugs é 32. Fazendo uns testes no 64, a simulação era mais lenta incrivelmente, então rodei no R 32. Você sugere eu usar o Linux é isto?
Grata, Vanessa
________________________________ De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Vanessa Leotti Torman <vleotti@yahoo.com.br> Enviadas: Sexta-feira, 20 de Abril de 2012 11:36 Assunto: Re: [R-br] Problema com pacote parallel
Ate' onde eu escuto falar, Windows gosta de mostrar o R como "Application not responding..." apesar de tudo estar funcionando como deveria.... Imagino que isso seja mais comum inclusive com codigos em C, qdo a execucao passa para outro nivel.
Como vc diz que os testes com poucas replicacoes funcionam, entao eu diria que nao ha' problema algum com o parallel. Mas coisas a serem consideradas sao: vc tem RAM suficiente? O seu Windows e' 32 ou 64 bits? E o R e' 32 ou 64 bits? Como os testes menores funcionam, minha impressao e' de que vc esta' tendo problemas com a manipulacao dos resultados e, muito possivelmente, influenciados pelo sistema operacional.
benilton
2012/4/20 Vanessa Leotti Torman <vleotti@yahoo.com.br>:
Prezados membros da lista,
Bom dia. Estou rodando uma simulação bastante complexa, pois para cada replicação tenho que rodar uma cadeia mcmc através do pacote brugs (que necessita do software OpenBUGS). Para que a execução seja mais rápida, estou usando o pacote paralell, mais especificamente a função parCapply deste pacote. Os testes com poucas replicações funcionam perfeitamente. Mas quando coloco para rodar todas (4000), mesmo após várias horas executando, o Windows dá uma mensagem que o R front end parou de funcionar. Eu percebo através do gerenciador de tarefas que apenas um dos núcleos parou de executar, então clico em fechar e acabo perdendo todos os resultados. Já tentei não usar todos os núcleos do processador, mas mesmo assim o problema acontece. Alguém teria alguma sugestão?
Abraços, Vanessa
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