
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é: error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada) [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
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On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
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On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
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On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > > Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é > possível > criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu > tenha > um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. > Eu > queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. > Eu > entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de > orientação à > objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo > entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a > comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar > códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o > contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar > um > pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com > uma > função bem simplória só para entender por alto como funciona? > > Obrigado, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu: > > > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e > > os > > documentos de ajuda associados. b > > > > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > > > >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? > >> Utilizei > >> as > >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca > >> tentei > >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando > >> funções > >> escritas em C++ também é tranquila? > >> > >> > >> Obrigado, > >> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> > >> > >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael > >> <[hidden email]> escreveu: > >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado > >>> pelas > >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na > >>> web > >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que > >>> esse é > >>> o > >>> pacote livre mais completo. > >>> [ ], > >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> > >>> > >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> <[hidden email]> escreveu: > >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote > >>>> RcppArmadillo. > >>>> b > >>>> > >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>>> > >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu > >>>>> gostei > >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". > >>>>> Muito > >>>>> mais > >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O > >>>>> problema > >>>>> que > >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma > >>>>> estrutura > >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando > >>>>> quase > >>>>> nada > >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho > >>>>> interessante > >>>>> a > >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação > >>>>> dinâmica > >>>>> utilizando C++. > >>>>> [ ], > >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>> > >>>>> > >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] > >>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>>>>> Pedro, > >>>>>> > >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o > >>>>>> adjetivo> > >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer > >>>>>> linguagem > >>>>>> que > >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito > >>>>>> isso, > >>>>>> nao > >>>>>> vejo > >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum > >>>>>> especialista > >>>>>> em > >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de > >>>>>> contra-exemplo; > >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros > >>>>>> problemas. > >>>>>> > >>>>>> b > >>>>>> > >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: > >>>>>> > >>>>>>> Pedro > >>>>>>> > >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas > >>>>>>> contas > >>>>>>> podem > >>>>>>> ser > >>>>>>> feitas sem a inversao explícita > >>>>>>> > >>>>>>> Por exemplo, a conta > >>>>>>> > >>>>>>> X'V^{-1}X > >>>>>>> > >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V > >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que > >>>>>>> já > >>>>>>> deve > >>>>>>> ter > >>>>>>> sido > >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas > >>>>>>> > >>>>>>> No exemplo > >>>>>>> > >>>>>>> cV <- chol(V) > >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) > >>>>>>> > >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) > >>>>>>> do que > >>>>>>> > >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: > >>>>>>> > >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de > >>>>>>>> matrizes é > >>>>>>>> fato > >>>>>>>> mas > >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com > >>>>>>>> modelos > >>>>>>>> de > >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de > >>>>>>>> inversas de > >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal > >>>>>>>> estimador. > >>>>>>>> [ ], > >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>>>>> > >>>>>>>> > >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael > >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo > >>>>>>>>> computacional > >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei > >>>>>>>>> muito > >>>>>>>>> pouco > >>>>>>>>> em > >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ > >>>>>>>>> perdem > >>>>>>>>> muito > >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a > >>>>>>>>> programação > >>>>>>>>> em > >>>>>>>>> ambas > >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas > >>>>>>>>> experiências > >>>>>>>>> na > >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso > >>>>>>>>> em > >>>>>>>>> simulações? > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, > >>>>>>>>> muito > >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para > >>>>>>>>> álgebra > >>>>>>>>> linear > >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> [ ], > >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] > >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, > >>>>>>>>>> entao > >>>>>>>>>> vc > >>>>>>>>>> esta' > >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a > >>>>>>>>>> oferecer. > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> b > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre > >>>>>>>>>>> de > >>>>>>>>>>> C > >>>>>>>>>>> para > >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e > >>>>>>>>>>> produtos de > >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. > >>>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>>>>>> [hidden email] > >>>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>>>>>> e > >>>>>>>>>>> forneça > >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>>>>> [hidden email] > >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>>>>> e > >>>>>>>>>> forneça > >>>>>>>>>> código > >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> ________________________________ > >>>>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added > >>>>>>>>>> to > >>>>>>>>>> the > >>>>>>>>>> discussion > >>>>>>>>>> below: > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > >>>>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. > >>>>>>>>>> NAML > >>>>>>>> > >>>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>>> [hidden email] > >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>>> e > >>>>>>>> forneça > >>>>>>>> código mínimo reproduzível. > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>> [hidden email] > >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>> e > >>>>>>> forneça > >>>>>>> código > >>>>>>> mínimo reproduzível. > >>>>>> _______________________________________________ > >>>>>> R-br mailing list > >>>>>> [hidden email] > >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >>>>>> forneça > >>>>>> código > >>>>>> mínimo reproduzível. > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> ________________________________ > >>>>>> If you reply to this email, your message will be added to > >>>>>> the > >>>>>> discussion > >>>>>> below: > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > >>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. > >>>>>> NAML > >>>>> _______________________________________________ > >>>>> R-br mailing list > >>>>> [hidden email] > >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >>>>> forneça > >>>>> código mínimo reproduzível. > >>>> _______________________________________________ > >>>> R-br mailing list > >>>> [hidden email] > >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >>>> forneça > >>>> código > >>>> mínimo reproduzível. > >>>> > >>>> > >>>> ________________________________ > >>>> If you reply to this email, your message will be added to the > >>>> discussion > >>>> below: > >>>> > >>>> > >>>> > >>>> > >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > >>>> To unsubscribe from R-br, click here. > >>>> NAML > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> [hidden email] > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >> forneça > >> código mínimo reproduzível. > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > [hidden email] > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > > forneça > > código > > mínimo reproduzível. > > > > > > ________________________________ > > If you reply to this email, your message will be added to the > > discussion > > below: > > > > > > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > > To unsubscribe from R-br, click here. > > NAML > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça > código mínimo reproduzível.
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