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Dezembro 2019

13 participantes
12 discussões

Vinculando R com OpenBLAS em sistemas GNU/Linux
by Pedro Rafael 03 Dez '19

03 Dez '19

O *ropenblas* (<https://prdm0.github.io/ropenblas/>) é um pacote projetado para facilitar a vinculação da biblioteca OpenBLAS (< https://www.openblas.net/>) com a linguagem R. O pacote, que funciona apenas para sistemas Linux, baixará automaticamente o código-fonte mais recente da biblioteca OpenBLAS e o compilará. O pacote ligará automaticamente o idioma R para usar a biblioteca OpenBLAS. Tudo será feito automaticamente, independentemente da distribuição do Linux que você estiver usando. Você também pode especificar versões mais antigas da biblioteca OpenBLAS. Automaticamente, se nenhuma versão for especificada, o pacote ropenblas considerará a versão mais recente da biblioteca OpenBLAS. A consideração de usar a biblioteca OpenBLAS em vez do BLAS (< http://www.netlib.org/blas/>) pode trazer otimizações extras para seu código e melhor desempenho computacional para suas simulações, pois o OpenBLAS é uma implementação otimizada da biblioteca BLAS. Algumas das razões pelas quais é conveniente vincular a linguagem R ao uso de alternativas otimizadas para BLAS podem ser encontradas aqui (< https://csantill.github.io/RPerformanceWBLAS/>). Vários outros benchmarks que apontam para um melhor desempenho computacional considerando a biblioteca OpenBLAS podem ser encontrados na internet. Algumas vantagens de usar a biblioteca *ropenblas*: [1] Tudo é feito dentro da linguagem R; [2] O procedimento será o mesmo para qualquer distribuição Linux; [3] A biblioteca OpenBLAS será compilada e você escolherá qual versão de compilação vincular ao R, independentemente da sua distribuição Linux; [4] Se a sua distribuição GNU / Linux não possui versões atualizadas do OpenBLAS, pouco importa. O pacote ropenblas busca a versão estável mais recente da conta de desenvolvimento da biblioteca OpenBLAS no GitHub; [5] Você não precisa conhecer bem o Linux. Em algumas distribuições, pode não ser tão simples para um usuário menos experiente compilar e vincular a biblioteca à biblioteca OpenBLAS com a linguagem R; [6] É muito mais fácil direcionar uma pessoa para vincular o OpenBLAS ao R dizendo "execute *ropenblas* () no R" do que pedir a essa pessoa que verifique se uma versão não otimizada do BLAS está instalada no sistema. Então você deve orientar a remoção da versão não otimizada do BLAS e guiá-lo para a instalação da biblioteca OpenBLAS através dos mais diversos procedimentos, dependendo da distribuição GNU / Linux usada; [7] Como afirmado anteriormente, o procedimento funciona para qualquer Linux e isso inclui o Android. Se o seu Android for capaz de executar comandos privilegiados (ROOT) e se você tiver o R instalado via Termux com as dependências necessárias, poderá compilar e vincular o OpenBLAS ao R usando *ropenblas*.

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Validação cruzada
by Andre Oliveira 02 Dez '19

02 Dez '19

boa noite, estou com dificuldades fazer a validação cruzada de modelos gerados com as bibliotecas sommer e MCMCglmm. Alguém do grupo que tenha experiência poderia ma dar uma ajuda? Segue o CMR # Dados require(MCMCglmm)data(PlodiaPO) str(PlodiaPO) # Divisão dos dados library(caTools)divisao = sample.split(PlodiaPO$PO, SplitRatio = 0.75)conj_treinamento = subset(PlodiaPO,divisao==TRUE)conj_validacao = subset(PlodiaPO$PO,divisao==FALSE) # Modelo require(sommer)fit=mmer(PO ~ 1, random = ~ FSfamily, data=conj_treinamento)summary(fit) # Validação ???pred=predict(fit, new_data = conj_validacao, classify = "FSfamily")pred att,.André

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