Novembro 2018 - R-br

Comparar semanas (experimento longitudinal)
by Edson Lira 06 Nov '18

06 Nov '18

Boa noite listeiros! Estou trabalhando com um bd (o pesquisador não conversou comigo antes) aonde preciso comparar a evolução de uma medida ao longo do tempo. São 10 grupos com 5 tratamentos, em determinados grupos tenho 5 ou 6 sujeitos. As semanas são: 1 e em alguns grupos vai a 7,8, 15 ou 16 semanas os grupos que têm 15, 16 semanas, tem um tratamento até a 9 semana, e outro tratamento até a 15 ou 16 semana. O objetivo do pesquisador é comparar a evolução e o efeito dos tratamentos. Alguém me sugere uma rotina para fazer a evolução entre a primeira e última semana? O banco está no link abaixo. https://www.datafilehost.com/d/f906462d [ ]'s. Prof. Edson Lira, Me Estatístico Manaus-Amazonas

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Problema com dataframe em tutorial de web scraping
by Helder Gramacho 06 Nov '18

06 Nov '18

Boa noite pessoal, Estou tentando reproduzir um tutorial de web scraping no r que está disponível na seguinte página: https://sillasgonzaga.github.io/2016-11-18-olx1/ Em determinada etapa aparece o seguinte erro: Error in `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, "adicional", value = character(0)) : replacement has 0 rows, data has 50 In addition: Warning message: In function_list[[k]](value) : NAs introduced by coercion Timing stopped at: 3 0.75 4.94 Ao que parece existe um problema com o número de linhas do dataframe quando as informações são extraídas, mas não consigo detectar qual o problema, alguém poderia me ajudar? O código que estou executando é o que segue abaixo: # Pacotes para instalar no R: if(!require(c('magrittr','rvest','readr','stringr','curl','tidyr','dplyr'))) {install.packages(c('magrittr','rvest','readr','stringr','curl','tidyr','dplyr') ,type='binary',dep=T)} library("magrittr") # não vivo sem esse pacote library("rvest") # principal pacote para web-scraping library("readr") # usado para extrair numeros de texto library("stringr") # usado para o data cleaning library('curl') # usado como suporte para o rvest library("tidyr") # data cleaning library("dplyr") # data cleaning url_apt <- " http://rj.olx.com.br/rio-de-janeiro-e-regiao/imoveis/aluguel/apartamentos" number_pages <- 245 #hard coded # Criar vetor com todos os urls para as páginas do olx lista_urls <- paste0(url_apt, "?o=", 1:number_pages) limparString <- function(x) { # x = string coletado do olx x %<>% str_replace_all("[\t]", "") x %<>% str_replace_all("[\n]", "") x %<>% str_replace_all("Apartamentos", "") x %<>% str_replace_all("Anúncio Profissional", "") x %<>% str_replace("-", "") x %<>% str_replace_all("[R$]", "") x %<>% str_replace_all("[.]", "") x %<>% str_trim() return(x) } extrairAnuncios <- function(url_pagina, info_adicional) { ### INPUTS: # url_pagina: url de uma pagina do olx com uma lista de links de anúncios. # info_adicional: variavel booleana. se verdadeiro, faz o scraping de dados adicionais do anuncio # ... deve ser usado apenas para apartamentos, pois a sintaxe do html para quartos é diferente mycurl <- curl(url_pagina, handle = curl::new_handle("useragent" = "Mozilla/5.0")) mycurl <- read_html(mycurl) x <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-link") # extrair link do anuncio col_links <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-link") %>% html_attr("href") # extrair titulo do anuncio col_titles <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-link") %>% html_attr("title") # extrair preço precos <- lapply(x, . %>% html_nodes(".col-3")) precos %<>% lapply(html_text) precos %<>% unlist() precos %<>% limparString() precos %<>% as.numeric() col_precos <- precos # extrair bairros bairros <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-line-2") %>% html_text() bairros %<>% str_replace_all("[\t]", "") bairros %<>% str_replace_all("[\n]", "") bairros %<>% str_replace_all("Apartamentos", "") bairros %<>% str_replace_all("Aluguel de quartos", "") bairros %<>% str_replace_all("Anúncio Profissional", "") bairros %<>% str_replace("-", "") bairros %<>% str_trim() col_bairros <- bairros # extrair informações adicionais de apartamento if (info_adicional) { adicional <- mycurl %>% html_nodes(".mt5px") %>% html_text() adicional %<>% str_replace_all("[\t]", "") adicional %<>% str_replace_all("[\n]", "") col_adicionais <- adicional } return(data.frame(link = col_links, titulo = col_titles, preco = col_precos, bairro = col_bairros, adicional = col_adicionais, stringsAsFactors = FALSE)) } url_teste <- lista_urls[1] system.time(df <- extrairAnuncios(url_teste, info_adicional = TRUE)) Agradeço a ajuda, *Hélder Santos* *Eng. Agr. Salvador-BA*

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Diferença resultados agricolae::HSD.test e lsmeas
by Fernando Antonio de souza 05 Nov '18

05 Nov '18

Pessoal, poque o resultado dos testes HSD.test e lsmeans diferem neste exemplo? O resultado fornecido pelo lsmeas está em acordo com o material de onde tirei esse exemplo e que havia sido rodado no SAS. Já o HSD.test difere tanto no valor das médias estimadas como na significancia. install.packages(c("agricolae",lsmeans")) library(agricolae) library(lsmeans) COVARIANCIA<-read.csv(" https://www.dropbox.com/s/0uvwqnnvsdsvphc/Covariancia.csv?raw=1",head=TRUE) modeloCOVAR<-lm(GANHO~PESOINIC+DIETA,data=COVARIANCIA) anova(modeloCOVAR) HSD.test(modeloCOVAR,"DIETA",console=TRUE) lsmeans(modeloCOVAR,pairwise~DIETA,adjust="tukey") -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Re: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore
by sznelwar＠uol.com.br 04 Nov '18

04 Nov '18

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 3
by sznelwar＠uol.com.br 04 Nov '18

04 Nov '18

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 3
by Caio Corrêa 04 Nov '18

04 Nov '18

Marcelo, acredito que isso pode te ajudar... > dados <- textConnection("Bloco Clone Esp Arv CAP HT + 1 A 3x3 1 12,5 18 + 1 A 3x3 2 10,1 11 + 1 A 3x3 2 11 11,5 + 1 A 3x3 3 19 21 + 1 A 3x3 4 19 20 + 1 A 3x3 5 9 8 + 1 A 3x3 6 18 17 + 1 A 3x3 6 17 18 + 1 A 3x3 6 18,5 17,5 + 1 A 3x3 7 8 10") > x <- read.table(dados, header = T, dec = ",");x Bloco Clone Esp Arv CAP HT 1 1 A 3x3 1 12.5 18.0 2 1 A 3x3 2 10.1 11.0 3 1 A 3x3 2 11.0 11.5 4 1 A 3x3 3 19.0 21.0 5 1 A 3x3 4 19.0 20.0 6 1 A 3x3 5 9.0 8.0 7 1 A 3x3 6 18.0 17.0 8 1 A 3x3 6 17.0 18.0 9 1 A 3x3 6 18.5 17.5 10 1 A 3x3 7 8.0 10.0 > CAP.sqrt <-function(x){ raiz = sqrt(sum(x^2)) + return(raiz)} > x$COVA <- paste(x$Bloco, x$Clone, x$Esp, x$Arv, sep = "") > attach(x) > CAPcalc <- tapply(CAP, COVA, CAP.sqrt) #note que aqui com o exemplo que você deu só teremos 7 resultados (possíveis combinações entre bloco, clone e espaçamento), > # criando um novo data.frame com a variável CAPcalc > detach(x) > # TESTE > newtable <- data.frame(BLOCO = rep(1, times = 7), + CLONE = rep("A", times = 7), + ESP = rep("3x3", times = 7), + ARV = 1:7, + CAPcalc) > newtable BLOCO CLONE ESP ARV CAPcalc 1A3x31 1 A 3x3 1 12.50000 1A3x32 1 A 3x3 2 14.93352 1A3x33 1 A 3x3 3 19.00000 1A3x34 1 A 3x3 4 19.00000 1A3x35 1 A 3x3 5 9.00000 1A3x36 1 A 3x3 6 30.90712 1A3x37 1 A 3x3 7 8.00000 Em sáb, 3 de nov de 2018 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. IC 95% (Edmar Caldas) > 2. Re: IC 95% (Marcus Nunes) > 3. Cálculo do CAP com base na repetição da árvore (Marcelo Laia) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 3 Nov 2018 01:21:39 +0000 (UTC) > From: Edmar Caldas <edmar_caldas(a)yahoo.com.br> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] IC 95% > Message-ID: <188698043.47848.1541208099198(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Boa Noite! > Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é > positiva? Outra notação, valor do teste t também deu negativo? > > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE) > Welch Two Sample t-test > data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sext = -4.7853, df = 1314.3, p-value = > 1.9e-06alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095 > percent confidence interval: -3.083359 -1.290332sample estimates: mean in > group FEMININO mean in group MASCULINO 4.920046 > 7.106892 > > > Edmar > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4d191f27/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sat, 3 Nov 2018 07:43:11 -0300 > From: Marcus Nunes <marcus.nunes(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] IC 95% > Message-ID: > <CA+QGQvuJ2brzVLqirK1-thcuEMRf+=Vfda4Nh3-w0ZAfoY= > C8w(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Este é um teste t de comparação da diferença entre as médias de dois > grupos. Por padrão, o R assume que os níveis dos grupos são dados em ordem > alfabética. Portanto, no teu caso, Grupo 1 é FEMININO e Grupo 2 é > MASCULINO. Desta forma, tua hipótese nula é > > H_0: mu_1 - mu_2 = 0 > > Ou seja, > > H_0: mu_FEMININO - mu_MASCULINO = 0 > > O estimador será X_barra_FEMININO - X_barra_MASCULINO. Portanto, > 4.920046 - 7.106892 > = -2.186846. A partir disso, é fácil ver porque o intervalo de confiança é > todo negativo (dica: há diferença entre as médias, com FEMININO < > MASCULINO) e porque a estatística do teste deu negativa também. > -- > Marcus Nunes > Professor Adjunto > Universidade Federal do Rio Grande do Norte > Centro de Ciências Exatas e da Terra > Departamento de Estatística > Laboratório de Estatística Aplicada > marcus.nunes(a)ccet.ufrn.br > https://marcusnunes.me/ > > > > On Fri, Nov 2, 2018 at 10:22 PM Edmar Caldas por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Boa Noite! > > > > Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é positiva? > > Outra notação, valor do teste t também deu negativo? > > > > > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE) > > > > Welch Two Sample t-test > > > > data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sex > > t = -4.7853, df = 1314.3, p-value = 1.9e-06 > > alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 > > 95 percent confidence interval: > > -3.083359 -1.290332 > > sample estimates: > > mean in group FEMININO mean in group MASCULINO > > 4.920046 7.106892 > > > > > > > > Edmar > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4bc0b32e/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Sat, 3 Nov 2018 10:40:56 -0300 > From: Marcelo Laia <marcelolaia(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore > Message-ID: <20181103134056.GC2176@localhost> > Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1 > > Bom dia! > > Em Engenharia Florestal é comum termos numa mesma cova duas ou mais hastes > (árvores), a qual chamamos de bifurcadas (para duas), trifurcadas (para > três), > etc.. > > Assim, podemos ter o seguinte: > > Bloco Clone Esp Arv CAP HT > 1 A 3x3 1 12,5 18 > 1 A 3x3 2 10,1 11 > 1 A 3x3 2 11 11,5 > 1 A 3x3 3 19 21 > 1 A 3x3 4 19 20 > 1 A 3x3 5 9 8 > 1 A 3x3 6 18 17 > 1 A 3x3 6 17 18 > 1 A 3x3 6 18,5 17,5 > 1 A 3x3 7 8 10 > (...) > 5 C 6x1,5 66 20 21 > (...) > 6 E 6x1,5 66 18 19 > > > Para prosseguir com os cálculos, é comum reduzir as plantas bifurcadas, > trifurcadas e quadrifurcadas a uma única planta, da seguinte maneira: > > CAP = RAIZ(CAP1^2 + CAP2^2 + CAPn^2) > > Assim, o exemplo acima ficaria assim: > > CAPcalc = RAIZ(10,1^2+11^2) = 14,93 > > CAPcalc = RAIZ(18^2 + 17^2 + 18,5^2) > > Bloco Clone Esp Arv CAP HT CAPcalc > 1 A 3x3 1 12,5 18 > 1 A 3x3 2 10,1 11 14,93 > 1 A 3x3 2 11 11,5 > 1 A 3x3 3 19 21 > 1 A 3x3 4 19 20 > 1 A 3x3 5 9 8 > 1 A 3x3 6 18 17 30,91 > 1 A 3x3 6 17 18 > 1 A 3x3 6 18,5 17,5 > 1 A 3x3 7 8 10 > (...) > 5 C 6x1,5 66 20 21 > (...) > 6 E 6x1,5 66 18 19 > > São seis blocos, cinco clones diferentes e seis espaçamentos. > > Pergunto: alguém já otimizou isso no R? Tenho 7.473 linhas de dados para > analisar e já fiz isso na unha (Calc Libreoffice) para os 3 anos > anteriores. > Como ainda teremos mais 3 anos de medição desse experimento, estou buscando > ajuda. Não tenho nenhum código em mente para enviar. O pedido de ajuda para > este caso e para o outro que irei enviar em seguida parte do zero. > > Obrigado > > -- > Marcelo > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 95, assunto 3 > **************************************** > -- *Caio Cézar Guedes Corrêa* <http://lattes.cnpq.br/3271223159819454> Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro - UENF Genética e Melhoramento de Plantas (Plant proteomics)

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Cálculo do CAP com base na repetição da árvore
by Marcelo Laia 03 Nov '18

03 Nov '18

Bom dia! Em Engenharia Florestal é comum termos numa mesma cova duas ou mais hastes (árvores), a qual chamamos de bifurcadas (para duas), trifurcadas (para três), etc.. Assim, podemos ter o seguinte: Bloco Clone Esp Arv CAP HT 1 A 3x3 1 12,5 18 1 A 3x3 2 10,1 11 1 A 3x3 2 11 11,5 1 A 3x3 3 19 21 1 A 3x3 4 19 20 1 A 3x3 5 9 8 1 A 3x3 6 18 17 1 A 3x3 6 17 18 1 A 3x3 6 18,5 17,5 1 A 3x3 7 8 10 (...) 5 C 6x1,5 66 20 21 (...) 6 E 6x1,5 66 18 19 Para prosseguir com os cálculos, é comum reduzir as plantas bifurcadas, trifurcadas e quadrifurcadas a uma única planta, da seguinte maneira: CAP = RAIZ(CAP1^2 + CAP2^2 + CAPn^2) Assim, o exemplo acima ficaria assim: CAPcalc = RAIZ(10,1^2+11^2) = 14,93 CAPcalc = RAIZ(18^2 + 17^2 + 18,5^2) Bloco Clone Esp Arv CAP HT CAPcalc 1 A 3x3 1 12,5 18 1 A 3x3 2 10,1 11 14,93 1 A 3x3 2 11 11,5 1 A 3x3 3 19 21 1 A 3x3 4 19 20 1 A 3x3 5 9 8 1 A 3x3 6 18 17 30,91 1 A 3x3 6 17 18 1 A 3x3 6 18,5 17,5 1 A 3x3 7 8 10 (...) 5 C 6x1,5 66 20 21 (...) 6 E 6x1,5 66 18 19 São seis blocos, cinco clones diferentes e seis espaçamentos. Pergunto: alguém já otimizou isso no R? Tenho 7.473 linhas de dados para analisar e já fiz isso na unha (Calc Libreoffice) para os 3 anos anteriores. Como ainda teremos mais 3 anos de medição desse experimento, estou buscando ajuda. Não tenho nenhum código em mente para enviar. O pedido de ajuda para este caso e para o outro que irei enviar em seguida parte do zero. Obrigado -- Marcelo

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IC 95%
by Edmar Caldas 03 Nov '18

03 Nov '18

Boa Noite! Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é positiva? Outra notação, valor do teste t também deu negativo? > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE) Welch Two Sample t-test data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sext = -4.7853, df = 1314.3, p-value = 1.9e-06alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095 percent confidence interval: -3.083359 -1.290332sample estimates: mean in group FEMININO mean in group MASCULINO 4.920046 7.106892 Edmar

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Amostra aleatória
by Edmar Caldas 01 Nov '18

01 Nov '18

Preciso de uma ajuda para criar uma amostra aleatória simples. Quero retirar 20% de uma arquivo excel. eu consigo fazer com o seguinte código, mas preciso retirar em forma de percentual e não mencionar o numero de linhas. tipo assim, amostra_20 <- Banco [sample(nrow(Banco), 0.20),]

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 1
by Denismar Nogueira 01 Nov '18

01 Nov '18

1. Re: Análise de experimentos em faixas (medidas repetidas no tempo) (Andre Oliveira) Quando em DIC a análise em parcela subdividida no tempo é igual a análise e parcela subdividida. Neste caso no ExpDes use a função Split2.crd ou o psub2.dic no ExpDes.pt []s Denismar

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