Fevereiro 2016 - R-br

erro no scale_x_continuous
by joão Rodrigo Castro 16 Fev '16

16 Fev '16

Pessoal, Um erro que acredito ser no scale_x_continuous está gerando um erro no gráfico. Ao reproduzirem o script, vejam que os valores no gráfico não correspondem aos valores referentes aos fatores county e value. Script: ############ library(ggplot2) library(reshape2) library(grid) this_base = "Indice de concordancia" my_data = data.frame( modelos = c("BC", "CD", "DB", "HG1", "HG2"), Alegrete = c(0.75,0.77,0.76,0.72,0.78), Bage = c(0.80,0.82,0.79,0.76,0.81), Camaqua = c(0.72,0.76,0.73,0.78,0.77), Cangucu = c(0.68,0.70,0.68,0.76,0.73), Dom_Pedrito = c(0.812,0.829,0.812,0.845,0.831), Enc._do_Sul = c(0.457,0.751,0.741,0.785,0.749), Jaguarao = c(0.742,0.775,0.722,0.815,0.821), Mostardas = c(0.510,0.423,0.135,0.590,0.506), Pelotas = c(0.739,0.760,0.745,0.773,0.741), Porto_Alegre = c(0.778,0.801,0.773,0.808,0.800), Quarai = c(0.8008,0.8205,0.8052,0.8210,0.8095), Rio_Grande = c(0.591,0.598,0.382,0.725,0.734), Rio_Pardo = c(0.803,0.818,0.780,0.830,0.805), Santiago= c(0.779,0.778,0.763,0.800,0.760), Sao_Borja= c(0.755,0.777,0.756,0.804,0.782), Sao_Gabriel= c(0.812,0.829,0.811,0.849,0.831), Sao_Luiz_Gonzaga= c(0.770,0.778,0.766,0.805,0.756), Sant._Livramento= c(0.803,0.805,0.801,0.817,0.777), Santa_V_Palmar= c(0.619,0.588,0.385,0.710,0.702), Santa_Maria= c(0.721,0.753,0.685,0.775,0.764), Torres= c(0.544,0.595,0.306,0.603,0.621), Tramandai= c(0.461,0.483,0.111,0.561,0.544), Uruguaiana= c(0.801,0.811,0.782,0.818,0.795)) my_data_long = melt(my_data, id = "modelos", variable.name = "county", value.name = "Indice c") my_data_long$county = factor( c("Alegrete", "Bage", "Camaqua", "Cangucu", "Dom Pedrito", "Enc. do Sul", "Jaguarao", "Mostardas", "Pelotas", "Porto Alegre", "Quarai", "Rio Grande","Rio Pardo", "Santiago","Sao Borja","Sao Gabriel", "S.L. Gonzaga","S. Livramento", "St.V. Palmar","Santa Maria","Torres", "Tramandai","Uruguaiana")) my_data_long$modelos = factor(my_data_long$modelos, rev(c("BC", "CD", "DB", "HG1", "HG2"))) p <- ggplot(my_data_long, aes(x = value*10, y = modelos)) + geom_point() + facet_wrap(~ county, ncol = 4) #scale_x_continuous(breaks = c(0,0.5,1),labels = c( 0,0.6,0.9)) + labs(x = "Indice de concordancia", y = NULL) ggtitle("Indice de concordancia c") + theme_bw() theme(panel.grid.major.y = element_line(colour = "grey60"), panel.grid.major.x = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), panel.margin = unit(0, "lines"), plot.title = element_text(size = rel(1.1), face = "bold", vjust = 2), strip.background = element_rect(fill = "grey80"), axis.ticks.y = element_blank()) p ggsave(paste(this_base, ".png"), p, width = 6, height = 8) ################ Acredito que seja no argumento break, sinceramente não consegui desenvolver.. sds -- João Rodrigo de Castro Programa de Pós-Graduação em Meteorologia Bolsista Laboratório de Agrometeorologia - Embrapa Clima Temperado Universidade Federal de Pelotas

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Leitura de base GIS usando servidor Postgre
by Paulo Dick 15 Fev '16

15 Fev '16

Caros colegas, bom dia Estou tentando fazer a conexão do R com um servidor Postgre já existente que possui diversas bases espaciais. Após algumas buscas, aparentemente consegui configurar a conexão usando a seguinte estrutura: > library(RPostgreSQL) > drv <- dbDriver("PostgreSQL") > con <- dbConnect(drv, dbname = "bases_1000", host = "....", port = 5432, user = "curso", password = "....") E então testei para ver se as bases eram listadas, e aparentemente tudo ok. > dbListTables(con) [1] "ac_2010" "spatial_ref_sys" "geometry_columns" [4] "al_2010" "am_2010" "ap_2010" [7] "ba_2010" "ac_2007" "ADM_Edif_Pub_Militar_P" [...] A partir daqui, não consigo carregar estas bases no R de forma que sejam entendidas como bases espaciais. Alguém sabe como proceder? Obrigado e abraços *Paulo Dick* Estatístico Mestre em Epidemiologia em Saúde Pública Tel.: (55 21) 99591-2716

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Instalação ggplot2 e reshape2
by joão Rodrigo Castro 15 Fev '16

15 Fev '16

Olá pessoal, Gostaria da ajuda de vcs para solucionar um pequeno problema que estou encontrando. Preciso gerar um gráfico onde são necessários carregar os pacotes ggplot2 e reshape2... acontece que sempre que instalo o ggplot2 para uma determinada versão do R , acontece que o reshape2 não é disponível para tal versão. Já tentei na 2.10.1 (não deu porq o reshape é para >= 2.14), na 2.14.1 e na 3.2.3 Gostaria de saber qual versão do R tem disponível ambos os pacotes. abs -- João Rodrigo de Castro Programa de Pós-Graduação em Meteorologia Bolsista Laboratório de Agrometeorologia - Embrapa Clima Temperado Universidade Federal de Pelotas

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Obtenção de Valores em Pontos de Arquivo Raster
by Yury Duarte 15 Fev '16

15 Fev '16

Bom dia colegas programadores. Estive trabalhando na obtenção de de dados climáticos a partir de um arquivo de extensão .nc, com um gride de 0,25 grau para todo o território nacional. Minha necessidade é de extrair essas informações climáticas, dia a dia, em formato numérico para alguns pontos específicos do mapa, que irão coincidir com os pontos das estações meteorológicas de onde coletei os dados observados. Após algumas tentativas e com algumas ajudas dos colegas, cheguei no código que segue ao final do texto junto com o link para baixar o arquivo analisado. Gostaria de validar esse código, pois não estou familiarizado com esse tipo de arquivo e com o pacote do R que usei para abri-lo. Como não conheço o conteúdo do arquivo, também não sei se houve uma limitação na visualização da saída do comando View(e) pelo R. Desde já, agradeço pela ajuda de todos! Link para download do arquivo: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcOXhnRDIxWnM5UDA/view Código do R: #seleção de diretorio setwd("C:/Users/user/Desktop/Novo_BD") #seleção de pacote library(raster) #seleção do arquivo de interesse r=raster("Rs_daily_UT_Brazil_v2_19800101_19891231.nc") #seleção da variavel de interesse dentro do arquivo s=stack("Rs_daily_UT_Brazil_v2_19800101_19891231.nc", varname="Rs") #criar lista de pontos a serem extraidos os valores de Rs longitude=c(-47.5,-47.5,-44.5,-40) latitude=c(-18.5,-19.5,-20.5,-22) xy=cbind(longitude,latitude) sp=SpatialPoints(xy) #extração dos valores e=extract(s, sp, method= "bilinear", df=T) #ou method="simple" #View(e) # Consertar data frame df=data.frame(t(e)[,]) View(df) Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Re: [R-br] Render {rmarkdown} não funciona em emacs
by Rafael Tieppo 13 Fev '16

13 Fev '16

Fernando, por acaso testei ontem o "render" com 'pandoc'. Aqui funcionou 100% para gerar o pdf. Só que rodei o comando 'render(xxx.Rmd , pdf)' de uma janela aberta no modo terminal fora do emacs. não testei de outro modo. Rafael Tieppo State University of Mato Grosso - Department of Agricultural Engineering site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo blog: https://sistemasagricolas.wordpress.com "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Monday, March 16, 2015 11:00 AM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Render {rmarkdown} não funciona em emacs (Fernando Antonio de souza) 2. loop lento (Roney Fraga Souza) 3. RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. (Mauro Sznelwar) 4. Re: RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. (izi) 5. Re: loop lento (Daniel Batista Lemes) 6. Re: loop lento (Roney Fraga Souza) 7. Re: loop lento (Daniel Batista Lemes) 8. Chamada de Trabalhos - VIII Reunião da ABAVE (Leandro Marino) 9. RES: RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. (Mauro Sznelwar) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sun, 15 Mar 2015 12:57:45 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Render {rmarkdown} não funciona em emacs Message-ID: <CAFrWFskiv2-XGy0jo=4FdyqzRsh3xqFzeaQ-y1Gj1m8HPjgjEg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Caros amigos Preciso rodar um arquivo *.rmd e gostaria de utilizar a função Render do pacote rmarkdown. Acontece que ao utilizá-la ela retorna a seguinte mensagem "Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found." Eu já atualizee a versão do pandoc mas a mensagem continau. Fiz uma busca na internte e encontrei esta postagem do Walmes que teve o mesmo problema http://r.789695.n4.nabble.com/Apply-rmarkdown-render-outside-the-RStudio-do… Segundo o Walmes ele solucionou criando um soft-link. Sou usuário novo em linux. Como posso fazer isso? abraços -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/59c3c8e2/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Sun, 15 Mar 2015 19:25:03 +0000 From: Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> To: R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] loop lento Message-ID: <10C667AD-0A7A-425E-9D05-2CA56ACFE7D1(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Olá pessoal, Eu tenho uma lista (ver2) composta por com 14 elementos, cada elemento é um data.frame() contendo as mesmas variáveis, o que varia é apenas a quantidade de linhas. Cada elemento da lista é um ano específico do data.frame(), exemplo, ver2[[1]] é o ano de 1977, ver2[[2]] é 1978, ver2[[3]] é 1979 até o último ano ver2[[14]] que é 1990. Nos data.frame() tenho informações sobre artigos científicos: nome (código que não se repete), grupo (extraído via processo de clusterização), PY (ano que o artigo foi publicado) e one (variável apenas com valor 1 que uso em outros procedimentos). Os data.frame() são cumulativos, no ano de 1978 estão todos os artigos publicados até 1978, em 1979 estão todos os artigos publicados até 1978 mais os artigos publicados em 1979, no em de 1990 estão todos os artigos publicados até 1990. O procedimento de clusterização é realizado de modo independente para cada ano, logo o artigo 'Baker, 1976, V4, P5' pode estar em grupos diferentes para cada ano. Quero saber a origem dos artigos que estão em um determinado grupo. Exemplo, grupo 1 de 1990, é composto por 100 artigos, desses 25 faziam parte do grupo 1 em 1989, 30 do grupo 2 em 1989, 35 do grupo 3 em 1989, e os 10 restantes eu não tenho interesse, pois, foram publicados no ano de 1990 logo não existim nos anos anteriores. Segue exemplo do resultado que eu obtenho o código atual: label qtde tm1.grupo tm1.ano t.grupo t.ano 1-2 6 1 1989 2 1990 2-1 5 2 1989 1 1990 3-1 3 3 1989 1 1990 4-5 3 4 1989 5 1990 5-4 2 5 1989 4 1990 6-9 2 6 1989 9 1990 7-6 2 7 1989 6 1990 8-8 2 8 1989 8 1990 9-10 2 9 1989 10 1990 qtde = quantidade de artigos em cada grupo tm1.grupo = ano t menos 1 determinado grupo tm1.ano = ano t menos 1 t.grupo = grupo t.ano = ano Para chegar a tal resultado eu utilizo o seguinte código: # ------------------------------ # início do código # ------------------------------ # baixar o arquivo 'ver2.rds' nesse link: # https://db.tt/13dT9XQI <https://db.tt/13dT9XQI> ver2 <- readRDS("~/Downloads/ver2.rds") grupo <- list() for(k in 2:length(ver2)){ grp <- sort(unique((ver2[[k-1]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t-1 grp2 <- sort(unique((ver2[[k]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t RES <- LAB <- list() for (i in grp) { for (j in grp2) { RES <- append(RES,list(length(intersect(ver2[[k-1]]$name[ver2[[k-1]]$grupo==i], ver2[[k]]$name[ver2[[k]]$grupo==j])))) LAB <- append(LAB, paste(i,j, sep='-')) } } grupo[[k]] <- data.frame(label=sapply(LAB, "["), qtde=sapply(RES, sum)) grupo[[k]] <- subset(grupo[[k]],qtde>0) grupo[[k]]$tm1.grupo <- as.numeric(gsub('-.*','',grupo[[k]]$label)) grupo[[k]]$tm1.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)-1) grupo[[k]]$t.grupo <- as.numeric(gsub('^.-','',grupo[[k]]$label)) grupo[[k]]$t.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)) } # grupo # ------------------------------ # fim do código # ------------------------------ Meu problema é: esse código funciona mas é muito lento, muito mesmo, inviabilizando sua aplicação para o volume de dados que trabalho no dia a dia. Alguém conhece uma forma mais rápida de fazer isso. Obs.: parte desse código foi contribuição de Eder Comunello através dessa lista, mas naquela altura o problema estava estruturado de outra forma. Abraço Roney -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/a40bddcd/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Sun, 15 Mar 2015 20:43:09 -0300 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar(a)uol.com.br> To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. Message-ID: <00e001d05f79$cb0b2090$612161b0$(a)com.br> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Por que não estou conseguindo rodar? symbol<-c("XOM","AAPL", "DIS") getCSV <- function(symbol){ + URL <- paste0("http://chartapi.finance.yahoo.com/instrument/1.0/", symbol, "/chartdata;type=quote;range=1d/csv") + tab <- read.table(URL, sep = ",", dec = ".", skip = 17) + colnames(tab) <- paste(c("timestamp","close","high","low","open","volume"), 1:6, sep = "-") + rownames(tab) <- paste(symbol, 1:nrow(tab)) + SAIDA <- paste0("Dados",symbol,"yahoo20150312.txt") + write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".", header = T) + } sapply(symbol, getCSV) Error in write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".", header = T) : unused argument (header = T) Oi Luis, Assim fica bem mais elegante =) Muito obrigada pela dica! Queria aproveitar para perguntar se você saberia um jeito de obter do yahoo usando o R todos os tickers das companhias pertencentes ao NIKKEI, porque ao invés de escrever os 225 tickers no symbol, eu puxaria direto. Muito obrigada mais uma vez! Em 13 de março de 2015 09:50, Luis G. S. e Silva <lgsilvaesilva(a)gmail.com> escreveu: Michelle, Essa tarefa pode ser realizada eliminado os loops (for) e algumas linha também. Dá uma olhadinha no script abaixo. Abraço symbol<-c("XOM","AAPL", "DIS") getCSV <- function(symbol){ URL <- paste0("http://chartapi.finance.yahoo.com/instrument/1.0/", symbol, "/chartdata;type=quote;range=1d/csv") tab <- read.table(URL, sep = ",", dec = ".", skip = 17) colnames(tab) <- paste(c("timestamp","close","high","low","open","volume"), 1:6, sep = "-") rownames(tab) <- paste(symbol, 1:nrow(tab)) SAIDA <- paste0("Dados",symbol,"yahoo20150312.txt") write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".", header = T) } sapply(symbol, getCSV) --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/88a0159d/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Sun, 15 Mar 2015 21:27:02 -0300 From: izi <salah3.1416(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. Message-ID: <1426465622.4713.2.camel(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="UTF-8" Retire o argumento <header = T> da função write.table ficando assim: write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".") -- Salah Saudações! ------------------------------ Message: 5 Date: Sun, 15 Mar 2015 21:28:50 -0300 From: Daniel Batista Lemes <dlemes(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] loop lento Message-ID: <CAPa99wrNeQ8JZ_=d9Rn0B7GkauicANPgxKjehDmU3=7n_fL2Dw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Roney, Não sei teu conhecimento de programação(não uso R, mas sou programador) o que tu está fazendo é 3 loop, onde, me parece, que tu percorre toda a matriz todas as vezes, uma forma de otimizar o que tu está fazendo é não fazer aquele sort ali, tu pode organizar os dados forra do loop, porque aquilo diminui muito a performance. Não consegui ver o código, mas quem sabe tu posta ele aqui http://pastebin.com/ assim como código fica melhor de analisar. Me parece que tu esta usando esse código apenas para organizar os dados, se for isso, existe linguagens para eficientes para fazer isso(python é um exemplo) e ai tu usa o R só para fazer as análises estatísticas. Caso tu não conheça python e queira manter o R existem implementações com melhor performance como o pqR(http://www.pqr-project.org/) ou o fastr ( https://github.com/allr/fastr) Sei que não te ajudei muito, mas espero ter te dado um norte :D Daniel Lemes Em 15 de março de 2015 16:25, Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> escreveu: > Olá pessoal, > > Eu tenho uma lista (ver2) composta por com 14 elementos, cada elemento é > um data.frame() contendo as mesmas variáveis, o que varia é apenas a > quantidade de linhas. Cada elemento da lista é um ano específico do > data.frame(), exemplo, ver2[[1]] é o ano de 1977, ver2[[2]] é 1978, > ver2[[3]] é 1979 até o último ano ver2[[14]] que é 1990. Nos data.frame() > tenho informações sobre artigos científicos: nome (código que não se > repete), grupo (extraído via processo de clusterização), PY (ano que o > artigo foi publicado) e one (variável apenas com valor 1 que uso em outros > procedimentos). Os data.frame() são cumulativos, no ano de 1978 estão todos > os artigos publicados até 1978, em 1979 estão todos os artigos publicados > até 1978 mais os artigos publicados em 1979, no em de 1990 estão todos os > artigos publicados até 1990. O procedimento de clusterização é realizado de > modo independente para cada ano, logo o artigo 'Baker, 1976, V4, P5' pode > estar em grupos diferentes para cada ano. > > Quero saber a origem dos artigos que estão em um determinado grupo. > Exemplo, grupo 1 de 1990, é composto por 100 artigos, desses 25 faziam > parte do grupo 1 em 1989, 30 do grupo 2 em 1989, 35 do grupo 3 em 1989, e > os 10 restantes eu não tenho interesse, pois, foram publicados no ano de > 1990 logo não existim nos anos anteriores. Segue exemplo do resultado que > eu obtenho o código atual: > > label qtde tm1.grupo tm1.ano t.grupo t.ano > 1-2 6 1 1989 2 1990 > 2-1 5 2 1989 1 1990 > 3-1 3 3 1989 1 1990 > 4-5 3 4 1989 5 1990 > 5-4 2 5 1989 4 1990 > 6-9 2 6 1989 9 1990 > 7-6 2 7 1989 6 1990 > 8-8 2 8 1989 8 1990 > 9-10 2 9 1989 10 1990 > > qtde = quantidade de artigos em cada grupo > tm1.grupo = ano t menos 1 determinado grupo > tm1.ano = ano t menos 1 > t.grupo = grupo > t.ano = ano > > Para chegar a tal resultado eu utilizo o seguinte código: > # ------------------------------ > # início do código > # ------------------------------ > > # baixar o arquivo 'ver2.rds' nesse link: > # https://db.tt/13dT9XQI > > ver2 <- readRDS("~/Downloads/ver2.rds") > > grupo <- list() > > for(k in 2:length(ver2)){ > grp <- sort(unique((ver2[[k-1]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t-1 > grp2 <- sort(unique((ver2[[k]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t > RES <- LAB <- list() > for (i in grp) { > for (j in grp2) { > RES <- > append(RES,list(length(intersect(ver2[[k-1]]$name[ver2[[k-1]]$grupo==i], > ver2[[k]]$name[ver2[[k]]$grupo==j])))) > LAB <- append(LAB, paste(i,j, sep='-')) > } > } > grupo[[k]] <- data.frame(label=sapply(LAB, "["), qtde=sapply(RES, sum)) > grupo[[k]] <- subset(grupo[[k]],qtde>0) > grupo[[k]]$tm1.grupo <- as.numeric(gsub('-.*','',grupo[[k]]$label)) > grupo[[k]]$tm1.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)-1) > grupo[[k]]$t.grupo <- as.numeric(gsub('^.-','',grupo[[k]]$label)) > grupo[[k]]$t.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)) > } > # grupo > # ------------------------------ > # fim do código > # ------------------------------ > > Meu problema é: esse código funciona mas é muito lento, muito mesmo, > inviabilizando sua aplicação para o volume de dados que trabalho no dia a > dia. Alguém conhece uma forma mais rápida de fazer isso. > > Obs.: parte desse código foi contribuição de Eder Comunello através dessa > lista, mas naquela altura o problema estava estruturado de outra forma. > > Abraço > Roney > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- @lemes_daniel -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/301f5b32/atta…> ------------------------------ Message: 6 Date: Mon, 16 Mar 2015 01:09:48 +0000 From: Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> To: R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] loop lento Message-ID: <3DA46750-883C-49E3-8F43-3D3D79625304(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="windows-1252" Olá Daniel, obrigado pela ajuda! Sou economista sem estudo formal de algoritmo, daí a chance de fazer cagada é grande. Segue link do código: https://gist.github.com/roneyfraga/debb242d919d9fdb3412 <https://gist.github.com/roneyfraga/debb242d919d9fdb3412> Quanto ao sort(), eu preciso fazer ele dentro do primeiro loop, pois e feito um para cada ano e/ou data.frame(). Conversando no IRC freenode #R recomendaram eu substituir a ?append? pelo ?outer?, sendo a segunda uma função mais rápida. Vou tentar ir nesse caminho no primeiro momento, caso não tenho sucesso estou pensando em me aventurar na mundo de Julia. Abraço Roney -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150316/d6e9d207/atta…> ------------------------------ Message: 7 Date: Sun, 15 Mar 2015 23:54:10 -0300 From: Daniel Batista Lemes <dlemes(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] loop lento Message-ID: <CAPa99wqAvLd9dLr7GsxQRT+AXRiq7fPYFSt5-piG5bxMNDYfuA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bom a primeira coisa que eu faria era gerar um data.frame com os dados organizados, ai tu teria um loop separado para organizar os dados e depois poderia usar os outros, já te daria uma certa performance Em 15 de março de 2015 22:09, Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> escreveu: > Olá Daniel, obrigado pela ajuda! > > Sou economista sem estudo formal de algoritmo, daí a chance de fazer > cagada é grande. Segue link do código: > https://gist.github.com/roneyfraga/debb242d919d9fdb3412 > > Quanto ao sort(), eu preciso fazer ele dentro do primeiro loop, pois e > feito um para cada ano e/ou data.frame(). > > Conversando no IRC freenode #R recomendaram eu substituir a ?append? pelo > ?outer?, sendo a segunda uma função mais rápida. Vou tentar ir nesse > caminho no primeiro momento, caso não tenho sucesso estou pensando em me > aventurar na mundo de Julia. > > Abraço > Roney > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- @lemes_daniel -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/f354ba5e/atta…> ------------------------------ Message: 8 Date: Wed, 11 Mar 2015 16:11:40 -0300 From: Leandro Marino <leandromarino(a)leandromarino.com.br> To: undisclosed-recipients:; Subject: [R-br] Chamada de Trabalhos - VIII Reunião da ABAVE Message-ID: <CAKSaaFnKY5K+u0mp8eqDUD3qZWWK3uF3Dpdr-_5OQVP8Ww3WJw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" *VIII Reunião da ABAVE * *Avaliação de Larga Escala no Brasil: * *ensinamentos, aprendizagens e tendências* Florianópolis/SC ? 19 a 21 de agosto de 2015 A Diretoria e os membros da Diretoria Científica da ABAVE convocam os interessados a enviar os trabalhos originais, contendo resultados de suas atividades de pesquisa científica ou de execução de projetos de avaliação educacional tanto da educação básica, quanto da educação superior, para apresentação durante a reunião. O formato da reunião foi pensado para favorecer a discussão e troca de experiências. Os autores deverão submeter seus artigos em duas categorias: - *Apresentação oral:* Serão aceitos textos que apresentem pesquisas com conclusão parciais ou finais, abordando temáticas novas ou já estabelecidas na área de avaliação educacional, preferencialmente utilizando os dados disponíveis das avaliações educacionais em larga escala, que evidenciem elaboração teórica e rigor conceitual e metodológico na análise. - *Apresentação pôster: *Serão aceitos textos que apresentem projetos de pesquisa em andamento ou relatos de experiências na área de avaliação educacional. Os trabalhos deverão ser submetidos eletronicamente até 30 de março de 2015. Em breve serão divulgados os procedimentos para a submissão eletrônica dos trabalhos. No ato da submissão, os próprios autores deverão classificar o trabalho em uma das categorias: apresentação oral ou pôster. *Regras para Submissão de Trabalhos:* Os artigos que serão submetidos à análise devem conter as seguintes especificações: - Deve estar no formato PDF, na fonte Arial, corpo 12. - Os artigos podem ser escritos em português, espanhol ou inglês. - A página deverá ser configurada em papel A4, utilizando os seguintes parâmetros: margem superior 2,5 cm; inferior 2,5 cm; lateral esquerda 3,5 cm; lateral direita 2,5 cm. - O trabalho deve conter apenas o título no corpo do texto. NENHUMA informação de autoria deve ser inserida no texto do artigo ou do seu resumo. - A primeira página do artigo deverá conter APENAS as seguintes informações de identificação: 1. Título do texto 2. Nome do autor ? sigla da Instituição 3. Nome(s) do co/autor(es) ? sigla da(s) instituição(es) (quando houver) 4. Agência ou Instituição Financiadora (quando houver) *Para Apresentação Ora**l* ?O texto deve conter no máximo 20 páginas, incluindo resumo, figuras, diagramas,bibliografias e anexos. Colocar resumo em português com, no máximo, 200 palavras, terminado pelas palavras-chave, em negrito. ?As notas de rodapé, em caso de serem indispensáveis, devem ser colocadas no final dotrabalho, antes das referências bibliográficas. ?Os títulos das seções internas devem estar em negrito e posicionado à margemesquerda. ?As figuras e tabelas devem ter legendas e estas, como as referências, devem seguir opadrão ABNT. *Para Apresentação de Pôster* ? O texto deve conter no máximo 10 páginas, incluindo resumo, figuras, diagramas, bibliografias e anexos. ? Colocar resumo em português com, no máximo, 200 palavras, terminado pelas palavras-chave, em negrito. ? As notas de rodapé, em caso de serem indispensáveis, devem ser colocadas no final do trabalho, antes das referências bibliográficas. ? Os títulos das seções internas devem estar em negrito e posicionado à margem esquerda. ? As figuras e tabelas devem ter legendas e estas, como as referências, devem seguir o padrão ABNT. *Avaliação dos Trabalhos* ? Os artigos submetidos serão avaliados pelos membros da Diretoria Científica e por pareceristas ad hoc indicados pela Diretoria. ? Os trabalhos serão avaliados pelo método do double blind review, que possibilita a análise inominada dos artigos, garantindo a imparcialidade da avaliação. ? Serão selecionados, para a apresentação na VIII Reunião Anual da ABAVE, 50 trabalhos na categoria Apresentação Oral e 70 na categoria Pôster. ? Cabe à Comissão Científica a possibilidade de reclassificar o trabalho, a partir de critérios da natureza da pesquisa desenvolvida, como também por disponibilidade de espaço para alocação das sessões apresentação oral. *Datas Relevantes* ? 30 de março: data final para submissão de trabalhos completos, nas categorias apresentação oral e apresentação de pôster; ? 01 de abril a 15 de maio: julgamento dos trabalhos pela Comissão Científica; ? 20 de maio: Divulgação do resultado final sobre os trabalhos aprovados. *Outras Informações* ? Os artigos aprovados e apresentados serão publicados eletronicamente nos anais do evento no sítio da ABAVE. ? O autor que apresentará o artigo submetido deverá estar inscrito no evento para que o artigo seja considerado para apresentação. Outras Informações devem ser solicitadas à: Secretaria da ABAVE (21) 2103-9635 abave(a)abave.org.br -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150311/7d692d4c/atta…> ------------------------------ Message: 9 Date: Mon, 16 Mar 2015 11:13:46 -0300 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar(a)uol.com.br> To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] RES: RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. Message-ID: <001a01d05ff3$6c6abad0$45403070$(a)com.br> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Muito obrigado pelo retorno,mas poderia me enviar o código fonte otimizado de novo, eu sem querer acabei acabei apagando. Retire o argumento <header = T> da função write.table ficando assim: write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".") -- Salah Saudações! --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 51, assunto 17 *****************************************

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Abrir Arquivo de Extensão .nc
by Yury Duarte 10 Fev '16

10 Fev '16

Boa tarde colegas programadores! Estou com alguns problemas em trabalhar com arquivos de extensão .nc. Acredito que esses são arquivos do tipo raster. Baixei os pacotes ncdf4; ncdf.tools e o RNetCDF. Com nenhum desses pacotes consegui fazer a leitura do arquivo, até o momento. Estou selecionando o diretório de onde irei buscar os arquivos .nc e em seguida uso o comando library() para instalar um dos três pacotes que mencionei acima. Feito isso, o próximo passo sugerido pelo R é usar um comando open.nc/open.ncdf (dependendo do pacote escolhido), entretanto o R não reconhece os comandos open. Alguém tem familiaridade com esse tipo de arquivo e pode me dar uma ajuda nessa questão? Desde já, agradeço pela disponibilidade de todos! Abs Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Obtenção de matriz completa
by mau.gm＠hotmail.com 10 Fev '16

10 Fev '16

Boa tarde. Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira. Entretanto só consigo visualizar parte da matriz. Como obter a matriz completa e salvá-la em planilha Excel? Obrigado Maurício Silva Enviado do Outlook Mobile On Tue, Feb 9, 2016 at 6:00 AM -0800, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Bug report (Thiago V. dos Santos) 2. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame (Éder Comunello) 3. Re: Número máximo de variáveis (Éder Comunello) 4. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] (ASANTOS) 5. Re: Número máximo de variáveis (Alexandre Loures) 6. Re: Bug report (Leonard Assis) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Mon, 8 Feb 2016 14:42:22 +0000 (UTC) From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <1313169499.699118.1454942542137.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html Greetings, -- Thiago V. dos Santos PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <assis.leonard(a)gmail.com> wrote: Bom dia a todos Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema? _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Mon, 8 Feb 2016 12:14:38 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> To: ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br> Cc: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame Message-ID: <CABmC8gnHfswFsZPumokW-e563HRQY1mqGpzmNyCz52-NoJbDpQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, bom dia! Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código. ### <code r> require(raster) require(sp) # RasterLayer inventado r <- raster(nrows=10, ncols=10) r <- setValues(r, 1:ncell(r)) plot(r) band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em SpatialGridDataFrame ##Função para conversão DN para radiância - LISS III --------------------------- radconvL<-function(x, band = 2) { Lmax <- switch(as.character(band), "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 x <- as.vector(as.matrix(x)) results <- band2 ### <==== alterado aqui!!! x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") results@data[, 1] <- x else if (is.data.frame(x)) results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), ncol = ncol(results))) else results <- x print(paste(band, Lmax)) print(results) results } ######-- teste2<-radconvL(band2, band = 2) spplot(teste2) teste3<-radconvL(band2, band = 3) teste1<-radconvL(band2, band = 1) ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/09d04cf3/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Mon, 8 Feb 2016 13:53:55 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <CABmC8gmDnz4f0E2FdoQ=c7_hYF7ab4GigVZr2FMN5J2FRi24Bg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, boa tarde! Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo. Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno... ### <code r> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) n <- n*1000 for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n" for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") # 0.5 Mb # 3.3 Mb # 2.8 Mb # 62.9 Mb # 52.5 Mb x <- cbind(a, b, c, d, e) str(x) # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ... print(object.size(x), units="Mb") # 121.9 Mb gc() ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures < alexandre.loures(a)ymail.com> escreveu: > Boa tarde pessoal! > > Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no > último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a > seguinte mensagem de erro: > > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb > > Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: > > a = 30 > b = 217 > c = 181 > d = 4123 > e = 3439 > > Total = 7990 > > Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o > erro supracitado. > > > Desde já muito obrigado! > > > -- > *Alexandre Rodrigues Loures* > Doutorando em Economia Aplicada > Universidade Federal da Paraíba - UFPB > Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA > Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE > Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge > [image: orcid] www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: iD icon.gif Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Mon, 8 Feb 2016 17:36:23 -0300 From: ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br> To: comunello.eder(a)gmail.com Cc: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] Message-ID: <56B8FC47.6010309(a)yahoo.com.br> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Muito obrigado Éder, funcionou perfeitamente!!!!!! Também tem outra alteração que resolve o meu problema e aumenta a velocidade de processamento, uma vez que tenho rasters muito grandes, sendo: radconvL <- function(x, band = 2) { Lmax <- switch(band, "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 setValues(x, Lmin + ((Lmax-Lmin)*values(x))/Qmax) } library(raster) b <- brick(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) test <- radconvL(b[[2]], band = 2) Abraços, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ====================================================================== Em 08/02/2016 12:14, Éder Comunello escreveu: > Alexandre, bom dia! > > Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código. > > ### <code r> > require(raster) > require(sp) > > # RasterLayer inventado > r <- raster(nrows=10, ncols=10) > r <- setValues(r, 1:ncell(r)) > plot(r) > > band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em > SpatialGridDataFrame > > > ##Função para conversão DN para radiância - LISS III > --------------------------- > radconvL<-function(x, band = 2) > { > Lmax <- switch(as.character(band), > "2" = 120.64, > "3" = 151.31, > "4" = 157.57, > "5" = 69.03, > NA) > > if (is.na <http://is.na>(Lmax)) stop("invalid band") > > Lmin = 0 > Qmax = 127 > x <- as.vector(as.matrix(x)) > results <- band2 ### <==== alterado aqui!!! > > x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax > if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") > results@data[, 1] <- x > else if (is.data.frame(x)) > results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), > ncol = ncol(results))) > else results <- x > print(paste(band, Lmax)) > print(results) > results > } > ######-- > > teste2<-radconvL(band2, band = 2) > spplot(teste2) > > teste3<-radconvL(band2, band = 3) > teste1<-radconvL(band2, band = 1) > > ### </code> > > > > > ================================================ > Éder Comunello > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] > > > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/319620ad/atta…> ------------------------------ Message: 5 Date: Mon, 8 Feb 2016 20:03:47 -0300 From: Alexandre Loures <alexandre.loures(a)ymail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, comunello.eder(a)gmail.com Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <56B91ED3.4040107(a)ymail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Boa noite Éder! Muito obrigado pelo retorno! Meus objetos possuem: 72.7 Mb 455.6 Mb 382.4 Mb 8401.1 Mb 7009.7 Mb Mas defini o uso da memória em 36Gb. Logo não estou entendo porque não consigo fazer o cbind dos cinco objetos. Em 08/02/2016 13:53, Éder Comunello escreveu: > Alexandre, boa tarde! > > Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, > mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da > operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do > último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o > espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo. > > Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e > rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno... > > ### <code r> > n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) > n <- n*1000 > > for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) > ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n" > > for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") > # 0.5 Mb > # 3.3 Mb > # 2.8 Mb > # 62.9 Mb > # 52.5 Mb > > x <- cbind(a, b, c, d, e) > str(x) > # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ... > > print(object.size(x), units="Mb") > # 121.9 Mb > > gc() > ### </code> > > > > > ================================================ > Éder Comunello > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] > > > > > Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures > <alexandre.loures(a)ymail.com <mailto:alexandre.loures@ymail.com>> escreveu: > > Boa tarde pessoal! > > Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). > Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o > erro) aparece a seguinte mensagem de erro: > > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb > > Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: > > a = 30 > b = 217 > c = 181 > d = 4123 > e = 3439 > > Total = 7990 > > Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está > reportando o erro supracitado. > > > Desde já muito obrigado! > > > -- > *Alexandre Rodrigues Loures* > Doutorando em Economia Aplicada > Universidade Federal da Paraíba - UFPB > Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA > Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE > Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge <http://www.ccsa.ufpb.br/ppge> > orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 > <http://www.orcid.org/0000-0002-1288-0135> > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. -- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... 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É um erro louco no plot.nn que não gera o plot no rmarkdown Em 8 de fev de 2016 12:42 PM, "Thiago V. dos Santos" < thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: > Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria > contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: > https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html > > Greetings, > -- Thiago V. dos Santos > > PhD student > Land and Atmospheric Science > University of Minnesota > > > On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis < > assis.leonard(a)gmail.com> wrote: > > > Bom dia a todos > > Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. > > O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então > fica: como devo fazer para reportar este problema? > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo > m�imo reproduz�el. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 9 ****************************************

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Re: [R-br] Obtenção de matriz completa
by Marcos Vital 10 Fev '16

10 Fev '16

Oi, Maurício! Na hora de gerar a matriz, use os argumentos diag=T e upper=T dentro da função. Isso funciona com a função dist() e vegdist(), não sei se irá funcionar com outras funções. Com estes argumentos a matriz vai ser completa, com diagonal principal e a parte acima da diagonal. Espero que resolva. Abraços Marcos Em 10 de fevereiro de 2016 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Obtenção de matriz completa (mau.gm(a)hotmail.com) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 9 Feb 2016 17:55:50 +0000 > From: <mau.gm(a)hotmail.com> > To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Obtenção de matriz completa > Message-ID: <SNT406-EAS421BDE0E0500C4D529E3BD192D60(a)phx.gbl> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > > > Boa tarde. > > Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de > dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira. > > Entretanto só consigo visualizar parte da matriz. Como obter a matriz > completa e salvá-la em planilha Excel? > > > Obrigado > > > Maurício Silva > > > Enviado do Outlook Mobile > > > -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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Bug report
by Leonard de Assis 09 Fev '16

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Bom dia a todos Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema?

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Número máximo de variáveis
by Alexandre Loures 08 Fev '16

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Boa tarde pessoal! Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a seguinte mensagem de erro: Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: a = 30 b = 217 c = 181 d = 4123 e = 3439 Total = 7990 Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o erro supracitado. Desde já muito obrigado! -- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135

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